非常感谢刘钦朋博士为大家带来的精彩汇报！ 此贴为提问贴，欢迎大家积极踊跃提问，并分享交流

我是一个甲虫爱好者，因为合作的研究生比较忙，我这里积压了二十多个甲虫新种（主要是隐翅虫总科的，也有少量拟步甲和阎甲），希望可以和大佬们合作发表，给二作或者命名都行，感兴趣的私信

我在手动矫正线粒体基因组时发现文献报道鳞翅目昆虫一些特定的基因如cox1,cox2等存在终止密码子缺失的现象，如呈现只有一个T充当终止密码子（T-）但在使用NCBI ORF Finding 和generious prime 进行查找CDS序列时未发现我的物种有终止密码子缺失的状况，请问软件是否会预测到缺失的终止密码子，如果手动矫正的话如何确定这个基因缺少终止密码子，是否有可靠的方法，本想按照两个基因相连的位点来矫正，但是也会发现基因间有几个碱基的overlap或者是空

手头里有好几个半翅目昆虫的10G重测序数据，都是为了组装mitogenome测的，虽然mit都组装出来了，但是总感觉重测序数据里面还能挖掘一点东西。请问各位老师有什么意见或者建议。

①请问转录组能用于UCE提取吗？ ②以及基因组提取USCOs时要看BUSCO完整性的评估，那提取UCE时需要看完整性评估吗？：比如USCOs取完整性大于50%用于后续建树分析，那么提取UCEs时需要看完整性的阈值吗？谢谢老师，麻烦啦

请问从NCBI下载转录组SRR原始数据后，依次通过了fastp质控、SPAdes组装、redundans，请问redundans后需要经过transdecoder预测pep、然后再使用预测的pep数据进行BUSCO提取吗？以及为什么需要经过transdecoder预测pep这一步吖？谢谢老师，谢谢大家，打扰啦

各位老师同学好，我最近拿一批T7平台的20X重测序数据组装线粒体失败，mitoz,getorganelle, novoplasty, meangs 这几个软件都试了，都只能装出几k的序列，我拿geneious去map到这个物种的cox1基因，少数样本map结果可用，大部分存在很多简并碱基。以前illumina平台5X的数据都能组装成功，很少失败的，请问这是为什么？这种情况该怎么处理？感谢大家🙏🙏🙏

请问各位老师，组装了一个完整的线粒体基因组，但是其中一个trna我用网上的在线网站trnascan和arwen都无法弄出二级结构，这种情况属于丢失trna吗？如果不算丢失，应该怎么处理？谢谢大家！

张老师，麻烦问下虚拟机处理转录组（转录组数据建树）的教程或者代码，

各位老师和贴吧的小伙伴们您们好，我想问一下大家有遇到过二代测序线粒体基因组测断的情况吗，我对二代测序结果进行组装注释过程中发现我的几个物种的37个基因和控制区序列都存在缺失的情况，对于这种情况，有没有比较好的解决方案或处理方法呢？非常感谢各位老师的帮助！

请问ASAP和PTP物种界定等方法有教程可以分享一下吗？

想问一下，在用虚拟机下载软件依赖环境时，一直出现An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.该如何解决，感谢

在野外采集的昆虫活体有时候没办法及时液氮固定，有什么好的保存rna的办法吗。

各位老师好，我安装了repeatmasker 和repeatmodeler 但是在构建重复序列库时出现了以下问题，好像是rmblast 与glibc版本不兼容，想请问各位老师在centos 系统中怎么解决，自己一直没弄出来

非常感谢杜诗雨博士为大家带来的精彩汇报！ 此贴为提问贴，欢迎大家积极踊跃提问，并分享交流

老师您好，各位同行们好，最近我读了杨采青老师的这篇论文，很想使用这个方法，但是在使用的过程中有很多困难，我根据文献提供的r包以及使用手册把例子做了一下，我发现1️⃣不知道该怎么去把我自己的数据替换过去2️⃣把结果跑出来，我发现我不会解读想请教各位有使用过这个方法的嘛？想和大家交流一下

测了一个存放两个月在常温，75酒精泡的标本的昆虫线粒体基因组。公司说提取的结果显示rna降解的比较严重，这种情况对建库测序有影响吗？

各位老师、同学好在建系统发育分析的时候选择内群该怎么选择呢，有什么要注意的要点吗？

老师好，各位同行好，我现在做的是一个属的系统发育和生物地理，使用COI进行物种界定发现自己通过形态鉴定出来是一个种的分子被划分成不同的种了，这种情况我应该怎么处理呢

欢迎大家踊跃参加！

各位老师同学好，我用mitoz组装线粒体基因组，使用的默认组装器megahit，结果发现其中一条序列的蛋白质编码基因中间出现了终止密码子，查询官网后，得知原因有以下4点：(1)Ns in the PCGs;(2)assembly error;(3)wrong genetic code table for translation ;(4)nuclear mitochondrial DNA segments (NUMTs)，其中密码子表的选用肯定是没问题的，但是我不知道如何去排查其他原因，我就使用mitoz另外两个组装器去组装，spades出现报错，mitoassemble组装了32个小时依然没结束。我想问问大家遇

德国会议见闻

想做一个两物种的共线性分析，在Geneious手动注释后导出gff格式时，软件识别不了，推测是格式错误，用NCBI上已发表的物种下载的gff3就可以用。请问大家这种应该怎么办，或者还有别的方式推荐获取gff文件么？目前数据仅在Geneious里有。附上我自己的格式和错误命令提示。恳请各位老师同学解答，感激不尽。

欢迎大家踊跃参加！

请问能否推荐几个性价比高，测序质量比较好的测序公司吗？想测昆虫mt基因组，可以几个g的全基因组数据。不需要分析，只要测序结果那种！

哔哩哔哩上昆虫分类讲习班第三讲，刘博士说的有很多分析软件的虚拟机压缩包在那里获得？

由刘雲祥 博士支持的第二十一讲将于9月6日（周五）晚7-9点举行。欢迎大家积极参与

我自己在使用Geneious的时候使用DeNovo Assemble 组装Mitoz无参组装出来的几条有用序列的时候，一直组装不成功，请问各位老师们是我操作选项有误还是序列问题？一直显示图一这种状态

老师您好，以上是我使用 bash UCE_extraction.sh提取UCE时遇到的“ValueError: Cannot find the a fasta file for RX2-sp with any of the extensions (.fa, .fasta, .contigs.fasta, .contigs.fa, .gz, .fasta.gz, .fa.gz)”问题，请问您知道是什么原因导致的怎么解决吗~谢谢您~ 以下是我的log

作为课题组里面第一个开始做基因组学的，能找到学习和交流的平台真的太好了，太感谢提供这个机会的老师和同学们了

各位老师，请问谁有树冠马来氏网（Canopy Malaise Trap）和蓝片陷阱（Blue Vane Trap）的购买渠道呀?

请教各位老师，对于这个基因在NovoPlasty中，一直显示无效种子序列，但这个种子序列放在其他基因进行有参组装时就可以使用，请问这是什么问题呢？

各位老师们好，我想请教一下组装线粒体基因组时，控制区不完整的问题。 我目前学习着用novoplasty(seed序列为近缘种的co1序列)和mitoz两种方法组装线粒体基因组，典型基因基本都可以注释出来。但是组装的大部分序列都是线性的，在控制区的位置断开了并且trnI不为起始（如图，前面有300~1000bp左右的非编码区）；几个成环的基因组在用mitoz注释的时候也不显示出控制区的部分。 我想请问一下这是因为有重复序列的原因吗，还是是我组装的时候出问题了

各位老师好，我采用通用型柱式基因组提取试剂盒对昆虫的肌肉组织进行总DNA的提取，但是提取过后浓度和产量都很低，而且rna污染严重。想问一下各位老师，我要进行二代测序用试剂盒提取DNA有必要利用RNA酶（配套试剂盒没有该酶）去除RNA吗？有什么需要注意的地方，能够提高浓度和产量？以及提取完总dna后，跑电泳的话，我需要买多长的marker进行电泳呀？

老师测序公司那个比较好，现在一代测序很多双峰

各位老师，提蚊虫组织DNA什么试剂盒好用，几豪克到十几毫克

由 吕林 博士主讲的第二十讲将于6月18日（周二）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类# #昆虫#

各位老师好，知道tRNA序列，怎样得到tRNA的二级结构呢？（tRNAscan-SE试过了，只能预测部分，得到部分二级结构，还有一些没有预测出来）

由 李招毅 博士主讲的第十八讲将于5月31日（周五）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类# #昆虫#

老师好，贴吧的小伙伴们好，我想问一下，如何从全基因组测序获取物种的USCO,UCE,AHE序列，之前的培训感觉基本上都是从获取后开始讲述如何获得高质量matrix的，可以出一期关于从公司原始数据到获得USCO的课程以及获得矩阵后建树的课程么（物种树可以以10个或者更少为例），或者有对应的讲解资料吗，谢谢老师，获得矩阵后的建树和我们普通建树流程一样吗，当下比较焦灼的是第一个问题，就是这些基因如何从全基因组中提取出来，感谢老师，也谢