学院在两部委和校党委的领导下，在董事会的指导与监督下，依托“211”全国重点高校南航大的雄厚师资力量和多学科坚实基础，依靠国内外民航界大力支持，坚持校企联合与国际联合的办学方针，建成了具有 “交通运输工程”一级学科博士学位授权点和博士后流动站，博士、硕士、学士完整的人才培养和学科体系，学历教育与在职培训相结合的多层次办学格局， 覆盖了民航所需的主要专业。学院现有一个一级学科“交通运输工程”博士学位授权点和博士后流动站， 四个二级学科博士点（交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程和道路与铁道工程）， 五个硕士点（交通信息 工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程，道路与铁道工程和安全工程与技术）， 三个专业硕士学位授权点（AMBA，交通运输工程和航空工程）。其中，载运工具运用工程获批国防重点学科，适航技术与管理获批国防紧缺学科。 根据我国民航人才需求，民航学院设有“交通运输”和“飞行技术”两个本科大类专业。在“交通运输”专业下，分别设有空中交通管理与签派、民航运输管理、民航机务工程、民航电子电气工程、适航技术与管理、机场运行控制与管理六个本科专业方向。

学院设有四个行政系：民航工程系、空中交通系、运输管理系和飞行技术系；四个研究所：航空安全与保障技术研究所、空中交通管理研究所、交通信息工程研究所、 民航软科学研究所；一个民航总局重点科研基地：“民航机务维修工程科研基地”、一个工程中心:“飞机可靠性与可维护性工程研究中心”；一个用于本科专业实习的民航工程中心（内建五大专业实验室）；另有一个民航在职人员培训中心。

有了全面科学的专业体系和雄厚的学科体系的支撑，学院的人才培养取得了令人瞩目的成就。学院坚持以素质教育为基础，做到“科学素养教育”和“人文素养教育”的统一、“理论知识学习”和“实践能力提高”的统一。针对民航行业对空管、机务、适航和飞行等特殊人才的需求，学院开展了3+1、2+2、4+1等人才培养模式，并对飞行学员实施准军事化管理。建院以来，先后向民航系统输送空管、签派、运输管理、机务维护（修）、电子通信和飞行技术等各类高水平专业人才，其中本科生3000余名，研究生400余名，培训学员3000余名，毕业生“宽口径、厚基础、高素质、强能力”的特点得到用人单位的广泛好评。民航学院以“民航精英、执政骨干、民众表率”为人才培养目标，现有在校本科生 1800余人，研究生310余人，其中博士研究生90余人。学院已成为我国民航事业高层次人才的培养基地。

学院注重课程体系建设，已经建成能够满足民航所需主要专业的课程体系，其中交通运输专业获批省级特色专业，飞行技术专业完成省级特色专业申报；“航空维修工程及技术”专业成功获批国防科工委紧缺专业。加强了课程建设，每个专业方向产生1—2门省部级精品（培育）课程，大力开展特色课程双语教学，形成了具有民航特色的教学内容与课程体系。学院以迎接本科教学水平评估为契机，加强教学改革和民航工程中心建设，获得了校“本科教学迎评工作先进集体”荣誉称号。5年来，新编讲义18部，获校教学成果奖9项，其中“建设民航工程中心，培养民航紧缺工程技术人才”获校教学成果一等奖。同时，学院注重理论教学与实践教学的紧密结合，建成近4000平方米的民航工程中心，并引进了1架运七飞机、7台民航发动机及价值1600多万的航材，建有4800平方米的停机坪用于飞机整机教学和实践。
学院加强辅导员、班主任、任课教师的协调联系，形成了辅导员、班主任、任课教师共同负责的全员育人模式，我院学生在“挑战杯”大学生创业计划大赛、“暑期社会实践”、“校大学生科技节”、“校园辩论大赛”等校内外竞赛和评比中屡创佳绩，毕业生就业率持续保持全校前列。

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