就目前存世的《初雕大藏经》刻印本数量而言，日本拥有的远远多于韩国。尽管这些古籍在日本珍藏良好，但作为韩国国民仍倍感惋惜。大家知道，在日本京都的南禅寺和对马岛历史民俗资料馆中，至少收藏二千四百多卷。这一数量是韩国收藏量的八倍。不仅数量多于韩国，古籍质量也优于韩国。
尤其是南禅寺收藏的《初雕大藏经》刻印本一千八百卷，数量超出目前存世量的一半以上。南权熙教授说，据推测，南禅寺收藏的《初雕大藏经》刻印本是目前已知晓的版本当中年代最久的，而且是同一时期刻印的版本。经确认，韩国首尔历史博物馆珍藏的《显扬圣教论》是惟一比南禅寺藏本刻印年代更早的典籍。《初雕大藏经》以中国宋朝时期的《开宝大藏经》（971～983年）为基础刻印发行，其体系和内容对研究高丽王朝时期的情况，复原和研究中国宋朝开宝版都具有极高的价值。从这点看，南禅寺藏本在内容方面的价值也不可低估，因为宋朝的《开宝大藏经》保存在世不过十几卷。南禅寺收藏的《初雕大藏经》中，《瑜伽师地论》卷七与韩国国内保存的大藏经一样，是有点注的重要佛教经典，成为研究汉文经典注释、韩国语研究的重要资料。
此外，《御制秘藏诠》、《御制逍遥咏》、《御制佛赋》等收录大型版画，属珍稀本。虽然总计二十卷当中有一卷残缺，但其中一百幅版画结构严密，富丽堂皇。据知，中国开宝版大藏经版画仅存一卷。
南禅寺收藏的《初雕大藏经》的纸质多为混用纸张。
20世纪30年代之前日本帝国主义殖民统治朝鲜半岛时，南禅寺收藏《初雕大藏经》的消息被传出来。由于不对外开放，即使日本学者也难得见到这些大藏经，韩国学者就更没有机会了。最初韩国人所见有限，直到20世纪60年代以后金斗钟博士考察过数卷，成均馆大学千惠凤教授也曾考察过几卷。
有资料表明，对马岛历史民俗资料馆等地收藏《初雕大藏经》有六百卷左右。这些藏本原来收藏在对马岛附近壹岐岛的安国寺和对马岛长松寺。直到14世纪前期，安国寺与收藏《八万大藏经》的韩国海印寺同名。后来，为纪念因战乱而死的灵魂，护佑国家的平安，日本各地和岛屿上建寺庙和佛塔，因而改名为“安国寺”。
安国寺收藏的《大般若经》中有《初雕大藏经》刻印本二百十九卷，其中第六卷中有记录提到，高丽国金海府户长兼礼院使许珍寿于靖宗十二年（1046年）为祈祷国家的安宁和母亲的长寿幸福，为已故父亲的冥福，发大愿刻造供奉大藏经。这是关于《初雕大藏经》刻印经纬的惟一确切记录。据记载，当时许珍寿将《初雕大藏经》供奉在庆尚南道金海附近西伯寺的两尊佛像肚中。韩国史学界认为，供奉在两尊佛像肚中的《初雕大藏经》已全被日本掠夺。
长松寺中的旧藏本属整部大藏经前半部分，内容重要，经文量大，有“六百般若”之称，可代表整部经典。
南禅寺收藏的《初雕大藏经》一千八百卷中，没有《大般若经》。据推测，典籍运往日本后有可能分藏多个地方。在南禅寺藏本中，有的背面有金海府所记文字，由此可见，经文有可能是从同一寺庙流传出来的。安国寺藏本也由日本长崎附近迁移而来。历史民俗资料馆收藏的大藏经也是原藏于长松寺和安国寺的。据对马岛历史民俗资料馆推测，此大藏经由高丽首都开城东面的长湍都护府天和寺刻印。据《高丽史》和《新东国舆地胜览》记载，天和寺建于12世纪初，约毁于15世纪。历史民俗资料馆方面从大藏经的后注（在复制件等的最后，注明书写者姓名、制作日期、制作经纬等的文字。）中发现有“天和寺刻印”等字样，认为此寺位于开城。
安国寺藏本在20世纪80年代被窃，只剩下三十三卷。据说，部分被窃的大藏经在韩国被发现。 2005年，对马岛收藏的部分大藏经也被带回韩国国内，在学界引起轩然大波。一些书志学者在将以不正当方式带回韩国的文物登录为文化遗产的过程中发现了这一问题。部分非法带回的文物已被指定为文化遗产。但是，由于这些文物早已被日本文化厅指定为该国的文化遗产，因而引起日方不满，要求归还文物。
（南权熙教授坦言，在日本考察大藏经刻印本的过程中，遭遇了许多困难。一般考察都是在冬季和夏季放假时进行，由于保存大藏经的房间没有窗户，也没有空调和暖气设施，在冬季考察时即使穿许多衣服，也抵挡不住刺骨的寒冷。夏季，从头到脚被包起来，穿着袜套，戴着口罩，身穿防尘服，只留眼睛在外，忍受着湿热，一两个小时就必须到屋外喘口气。就是在这种环境下，考察工作持续了五年之久