在坚守的同时,江阴向四方寻求援助,但援军皆为清军所败。外兵屡败,江阴沦为孤城。即便如此,刘良佐心有余悸,不敢再攻城,只用火炮攻击北城,彻夜不息,城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。阎应元命石匠砌墙,匠危惧不前,阎应元言辞恳切,动之以情,石匠深受感动,于是冒死登城修葺城垛,使之牢固如初。
十四日,阎应元利用清军劝降之机,派出百余名壮士,以奉送“降礼”为名,暗携火器进入清军营帐,炸死清军官兵两千余人。十七日夜,阎应元挑选勇士千人出南门劫营,或执板斧,或执短刀,或用扁担,突入敌营,伤千余人。及他营来救,应元兵已返回城中。此役之后,刘良佐再次后撤,扎营在十方庵。
十九日,刘良佐策马来到城下,劝应元道:“弘光已北,江南皆下。若足下转祸为福,爵位岂在良佐下,何自苦如此?”阎应元从容道:“江阴士民,三百年来食毛践土,深戴国恩,不忍望风降附。应元是大明典史,深知大义所在,绝不服事二君。将军位为侯伯,掌握重兵,进不能恢复中原,退不能保障江左,有何面目见我江东忠义士民乎?”良佐惭愧不已,又以清廷召谕相示,劝江阴士民接受招安。应元怒道:“有降将军,无降典史。”一声梆响,火箭齐发,良佐连跨三四马逸去,叹息道:“江阴人没救了。 ”
清朝亲王多铎闻知江阴久攻不下,极为震怒,他先派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”,接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。贝勒博洛平定松江后,统率所部二十万大军来到江阴城下,他认为刘良佐曾任明朝伯爵,手握重兵,却连一个江阴县城也攻不下来,无能至极,于是打了他一顿板子。博洛见阎应元义不可动,发起总攻,分兵先抄断各镇救兵,以竹笼盛火炮,鼓吹前迎,炮手披红挂彩,限三日破城,二十日至二十七日,清兵轮番攻城不息,阎应元指挥防御,浴血奋战,终保江阴城池不失。
博洛久攻不下,心中焦急,于是重新劝降,称只要拔去大明中兴的旗号,四门悬挂大清旗号四面,只杀斩首事者数人,其余一概不论,即使不剃发,也会撤兵。阎应元看出博洛的缓兵之计,遂道:“只斩我一人?我没有罪,凭什么杀我? ” 此后摄政王多尔衮晓谕招安,博洛命人用箭射入城中,言明已亡,何苦死守?阎应元命人在书后补上:“愿受炮打,宁死不降 ” 射还给清兵。清廷多次劝降,三城已经开始有人犹豫,但因阎应元镇守的北门誓死固守,众意遂绝。