另一个与流感病毒斗争的武器是疫苗，一支典型的疫苗最终由3种成分构成：来自乙型流感的成分，来自H1N1甲型流感毒株的成分和来自H3N2甲型流感毒株的成分，分别针对3种当年流行（或将最可能流行）的毒株。
现在应用的疫苗是病毒弱毒株、单独的病毒蛋白、死亡的病毒或者病毒的类似物，从安全性上说，属于没有毒性或弱毒。我们通过注射疫苗让免疫系统熟悉病毒的特征，其实就是一种"模拟入侵演练"，从而能在病毒真正入侵时快速准确地做出应答，减少被感染的概率。
1935-1936年，在从人体中分离出流感病毒两年以后，人类第一次进行了流感疫苗测试，1940年后疫苗大规模试用，1960年后开始被各国政府推荐使用。但是，由于流感的高变异性，每年都必须重新设计和生产疫苗。

此外，现在还有一种被称为DNA疫苗的技术，也颇具潜力，其原理就是将能够表达出病毒特征蛋白的基因植入人体部分细胞，持续生产这些蛋白质，刺激免疫系统始终处于兴奋和戒备状态，其效果好于常规疫苗，因为后者在接种后，机体会慢慢"遗忘"。WHO建议在北半球流感高发期，也就是每年的9月至次年4月接种疫苗，在南半球也有相应时间段的建议。事实证明，疫苗能够起到一定的防护作用，特别是能够显著减小在校学生的发病率。
现在，我们和病毒之间的"道魔之争"已经进入白热化，科学家们正在争取尽早获得有力的，甚至可以反击的武器，但是离彻底消灭病毒，为时尚早。