云南省古生物研究重点实验室前身为2001年3月创建的云南大学澄江动物群研究中心。实验室于2004年5月通过云南省重点实验室和工程研究中心管理联合会的认定，正式挂牌成立，由侯先光研究员担任实验室主任。2008年12月，实验室升级为云南大学二级单位，是云南大学“211工程”三期重点建设学科。实验室拥有有化石博物馆、标本库、标本修理室、岩石磨片室、酸浸解室等，配备有FEI扫描电子显微镜、Leica和Nikon实体显微镜、生物显微镜、偏光显微镜以及相应的电子成像系统，Nikon D3X相机及Kaiser翻拍系统等设备。目前实验室共有研究人员10名，技术人员1名，行政人员1名，在读硕士、博士研究生10余名。 主要研究方向1.早期生命起源与演化——澄江动物群研究。2.磷酸盐（含Orston型）化石研究。
3.化石植物生物学研究。
4. 地球化学研究。
5.中生代古脊椎动物学研究。 实验室定位1.基础研究：探索生命的起源与演化以及相关的地质环境背景，出原创性高水平成果；2.科普展览：服务于大众，提高全民科学素质；3.资源保护和开发利用：提升科学、文化内涵，为经济建设和社会发展提供科学支撑。 实验室特色 利用云南省丰富的地质、古生物资源优势，搭建高水平的创新研究平台，以研究“澄江生物群”为基点，向古生物学其他门类、地球化学、沉积学等研究领域辐射，结合现代古生物学技术手段，开展古生物资源的保护与研究，探索科学理论与服务经济建设相结合，实现深奥的科学研究到通俗的科学普及。 研究成果 截止于2012年，实验室先后承担国家级、省部级等自然科学基金项目三十余项，在国际性专业学术杂志发表高水平研究论文50余篇，包括6篇发表在《Science》、《Nature》、《PNAS》杂志。 奖励与荣誉 国家自然科学一等奖（2003），何梁何利科学与技术进步奖（2004），全国“五一”劳动奖章（2004），全国劳模（2005），中国高等学校十大科技进展（2007），云南省自然科学一等奖（2008），中国地质科学十大科技成果奖（2008），中国十大科学发现（2008），云南省杰出贡献奖（2012）等。