衍圣公南迁后在南宋先后六传，至第五十三世衍圣公孔洙让爵为止。北宗一开始还算是找了孔家的旁支，金国建立的伪齐刘豫政权，于公元1131年封孔端友之侄孔璠为衍圣公， 三传至孔元措，因为孔元措随金国政权迁至汴京，于是改封其族兄孔元用权袭衍圣公，留曲阜主祀事。南宗理宗宝庆元年（公元1225年）收复山东，金国于是于次年改授孔元用之子孔之全为衍圣公。
蒙古于宪宗元年（蒙哥，公元1251年）封北宗第五十二代孙孔浈为衍圣公，但是因为孔浈身世可疑，其号称为孔元措之孙，但曾随母改嫁易姓为李，再由孔元措领回抚养，所以导致族内不满上书揭发，次年被罢，北宗的衍圣公爵位就此虚悬。
元世祖忽必烈灭宋后，于至元十九年（公元1282年）访查孔族，拟确立衍圣公，诏当时任南宗第六代衍圣公的孔洙去京议封。孔洙称因本支祖茔已有五代在衢，难以弃离，拒绝了元庭的封诏，称曲阜子孙守墓有功，所以愿让爵于北宗。忽必烈由此封孔洙为国子监祭酒、承务郎，免去衍圣公封号，但未立封北宗。 从性质上说，孔洙当时并非让位，实乃辞爵，并立即进缴“袭封衍圣公”印信，放弃了已经袭封五十三世的爵位。
直到元成宗贞元年（公元1295年）才封孔之全之子孔治为衍圣公，以致北宗衍圣公中断了43年。 元仁宗延佑二年（公元1316年）孔氏族人上书，指但是袭第五十四代衍圣公孔治之子孔思诚是庶支，应由孔思晦承袭。 于是元仁宗罢孔思诚，改封孔思晦，仍为第五十四代衍圣公。实际上，他们两人都不是北孔的嫡长孙。由于第四十六代衍圣公孔宗愿的子孙多已先后迁居他地，孔思晦之获封只因他是留在曲阜的长支，所以其后各代衍圣公都是孔思晦之后的嫡长子。
南宗失爵后逐渐衰落，明正德元年（公元1506年）授南宗孔子第五十九代孙孔彦绳为世袭翰林院五经博士。
从以上的历史叙述，可以了解南宗才是孔子后裔的正宗，但是北宗得到了由元至清王朝的承认，成为名义上的正式正宗。

回复@bryu518：我倒是第一次听说孔家是一个整体，要这么说中国也是一个整体，敢情汪精卫当了汉奸就等于全体中国人当了汉奸？这个理论可真是牛逼大发了。理论上说起来汉族人还都是黄帝子孙了，莫非也是汉奸世家？别忘了历代外族入侵，也从来不少汉奸跑出来代表中国的，难不成中国也成汉奸世家了？

回复：@bryu518，你不是要我找余姓的汉奸吗？好啊，随便找找，我也不需要上溯元清，就抗战吧，汪精
卫伪政权前三排的大汉奸里就有一位，伪北平特别市师长余晋和，这位出生绍兴大族，正儿八经日本陆军
士官学校毕业，不是老蒋那种野鸡学校毕业，民国建国当年，他回国历任陆军部参事、宪兵学校教官。
1922年（民国11年），任青岛港政局局长。
1931年（民国20年）2月，任青岛市政府参事、公安局局长。1933年（民国22年）12月，任北平特别市公
安局局长、参议、外交室主任。1935年（民国24年）12月，出任厦门市市长。1936年，任国民政府外交部
特派员。
抗日战争爆发后，他追随汪精卫逃往南京，参与组建伪中华民国临时政府。1938年（民国27年）1月，被
任命为北京特别市市长。
1940年（民国29年）3月，汪精卫建立汪精卫政权（南京国民政府），余晋和留任北京特别市市长。后来
任华北政务委员会委员。1943年（民国32年）1月，他升为华北政务委员会常务委员、并任该委员会建设
总署督办。2月，他任全国筹堵黄河中牟决口委员会主任委员，3月他任全国经济委员会常务委员。在汪伪
政权里，这位也是数的上的高官了，一直活跃在民国政坛官运亨通，够了吗？不够还有。