我已经搞定了，下面把我的步骤贴出来：
平台：win8.1 vs2013 cocos-2dx-3.2 pbc 我也不想集成在引擎里，我是这么做的
1.用cocos new 新建了一个lua工程
2.工程中添加pbc/src下的文件和binding/lua/pbc-lua.c，添加pbc/pbc.h，再添加一个pbc-lua.h
3.还要在pbc-lua.c中include"pbc-lua.h"
4.在appdelegate中include"pbc-lua.h"，并调用luaopen_protobuf_c(L)，载入pbc库
5.添加protobuf.lua
6.修改android.mk,添加新增的文件
7.用cocos compile -p android 编译
pbc_lua.h的内容是：
#ifndef PBC_LUA_H
#define PBC_LUA_H
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
extern int luaopen_protobuf_c(lua_State *L);
#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif/* PBC_LUA_H */

这个只是总体流程，一些细节的地方可以随意