共和国克隆兵是因为精神受到控制还是受到黑暗原力控制才叛变的。

脑里有芯片，强制执行

看cw 第六季有讲

脑袋里头有芯片，详见克隆战争第六季

都不是，是66号令

脑里有芯片，无条件执行命令

克隆人认为绝地叛国
火舞不让加小尾巴于是我就不加

绝地刺杀作为旧共元首的帕尔帕廷议长，阴谋颠覆旧共的合法政府，这样不算叛国什么算叛国？
克隆军反而很好的尽了忠于旧共的职责。
关于66号令。
旧设定为66号令为150紧急军令的其中一条，也是唯一一条对绝地不利的，而克隆兵仅仅是忠于军令，而他们的出生前受训与基因调制保证了他们绝对服从军令。
而在TCW中颠覆了这个说法，66号令被设定为克隆兵的大脑内被植入了预设指令的生物芯片，一经激活，意味绝地叛国，立刻击杀绝地。