我是高中生侦探工藤新一，当我跟青梅竹马的毛利兰一起到游乐园玩的时候，却目睹了黑暗组织的交易现场，专心看着交易的我，却忽略了从背后而来的另一个同伙，我被那个人强行灌了毒药，等我醒来是时。我的身体已经缩小了，要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，连我周围的亲友也会卷入危机，在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份，当小兰问及我的名字时，灵机一动化名为江户川柯南。我为了搜集那些家伙的情报，于是住进了父亲以侦探为业的小兰家中，身体虽然变小，但头脑依然灵活，真相永远只有一个！