近几年的调研结果表明，制约中国苹果产业可持续发展的瓶颈问题：一是土壤有机质含量低，二是有国际影响的具有自主知识产权的品种少。
造成果园土壤有机质含量低的原因有：黄河流域的生物降解加剧了土壤贫痔，农村有机肥源严重不足，果园生草未能有效推广应用。以山东省为例，全省年产10万吨以上的有机肥厂有10余家，总产能在1500万吨，远远不能满足需求，同时还存在价格、质量等问题。因此，在当前有机肥源严重不足的情况下，要全面提高果园土壤有机质含量，必须遵循自然规律，让果园的小草长起来，有效借助自然的力量培肥地力。

果园生草是果品生产先进国家增加果园有机质含量、培肥地力、实现持续高效发展的成功经验。但这一技术却未能在我国有效推广应用，其主要障碍体现在土壤管理制度及栽培模式等个方面：①果农的传统观念是果园清耕除草，将果园生草片面理解为生草与果树争肥争水。 ②群众对果园生草的迫切性与重要性认识不到位。③乔砧密植、果园郁闭没有小草生长的阳光。④市场与自然因素加剧了果园郁闭。⑤生草果园技术不配套。
目前我国苹果老产区存在的果园老龄化及设施条件差等问题，虽然都比较严重，但对环境构不成威胁，而且适当加大投入就能在短时间内得到解决，不是影响苹果产业可持续发展的瓶颈或关键问题，但苹果园土壤管理制度及栽培模式不合理，即“清耕除草、事倍功半；乔砧密植、果园郁闭、病虫加剧、眼前利益、化肥为主、低效利用、面源污染、土壤酸化、有机不足、肥力下降”与可持续发展的概念不相符，是制约可持续发展的瓶颈问题。