这次协和跟中科大签署了两份文件，一个是《中国科技大学北京协和医学院战略合作框架协议》，另一个是《生物医学交叉学科人才培养计划（Ph.D. Program）合作协议》。
合作框架协议主要是协和和中科大本科生课程互选，学分互认、研究生联合培养和教师互聘，开放教学资源，推动复合型创新人才培养。两边将加强教学和学术交流，促进教学和科研水平提高；推进双方教师开展科研合作，共同承担重大研究任务；共同组建科学研究单元与技术支撑平台。猜测可能与合肥的科学岛和国家实验室有关。
交叉学科人才培养可能搞的类似协和跟清华。协和跟清华实质上的合作应该是医学八年制的学生，其他所跟清华没有太多牵扯。协和八年制前两年半在清华上预科，之后回协和上基础和临床，由清华招生，学生属于协和。中科大与协和的合作是中科大开设医学预科课程，每年两校联合从中科大大三本科生选拔20人进入“生物医学交叉学科人才计划（PhD.)” 协和将为这批学生开设医学教育课程。之后进行1:1分流，分别在协和与中科大进行其余的四年博士生学习，学成之后可授予协和与中科大的博士学位。学生的归属问题这里大胆猜测下，按照前面说的1：1分流，可能20人10人回中科大，10人留协和读博。协和拿到10个中科大生源，提高了生源质量；中科大获得培养的医学人才，获得医学人才种子。两边利好。
然后协和跟清华的关系，除了上面说的八年制外，就主要在研究生国家公派出国这块，毕业生落户上海这块，和学生毕业证这块有关系，主要就是盖章。但是现在协和这边到清华盖章已经不容易了。据说今年将要毕业的清华第一届医学八年制实验班因为没有通过教育部批准，拿不到医学学位，然后清华想找协和这边盖章，但是协和这边说清华以前盖章不利索，招学生也没跟协和说过，所以不想盖。然后两边扯，但是最后关系怎么样不知道。