两次大规模基因学研究证明水族是水家先民是西北地域民族的血缘。
《记者观察》2004年第11期所刊周芙蓉《活化石“水书”传承水族历史”》说：1997年贵阳医学院遗传专家对贵州水族和汉族、苗族、布依族等几个主要世居民族作了人群线粒体DNA多态性研究，将三代皆同一民族家庭的150份标本进行了2600余次实验，结果表明：水家先民是西北地域民族的血缘。
2004年9月新华网《DNA研究表明：水族先民来自北方》报道：中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室和贵州黔南民族医学高等专科学校共同完成的DNA研究显示，在遗传组成上，生活在我国南方的水族人群较其他南方民族群体与西北人群的序列更有相同性，表明水族是一个来自北方的古老民族群体。