议会最初绝没有反叛的意思，议会中相当一部分人虽主张限制国王的权力，却不主张议会的力量压倒国王，他们希望王权与议会保持一种平衡，回到传统的“国王在议会”中去。在宗教方面，他们虽反对劳德的亲天主教立场，却也希望维持主教制，也就是维护国教的地位。然而，不久形势就发生了突变。1641年10月，爱尔兰天主教徒叛乱，议会认为是受了国王的指使，而查理一世则希望借此使国内的局势复杂化。议会中的坚决反对派指出，国王的阴谋可能比爱尔兰叛乱更危险。他们在议会中进行了长时间的激烈论辩，最终以159票对148票通过了反对专制主义的《大抗议书》，谴责国王的暴政，并提出一系列改革要求，如建议实现工商业活动的自由、建立国王和大臣对议会的负责制、限制主教的权力等等。查理看到在对《大抗议书》的表决上议会出现了一半对一半的局面，拥护者和反对者之间差点上演一出武剧，他以为议会的分歧给了他天赐的良机。1642年1月4日，他对议会动武了。他带领几百个亲兵进入议会，企图逮捕皮姆、汉普登等五位议会反对派领袖。查理的错误在于：他始终不接受人民的意志，不懂得统治的诀窍在于不违背民意。他先向人民挑战，于是人民被迫反抗。伦敦的市民立刻武装起来，他们把五位议会反对派领袖接进城去，把议会转移到伦敦市政厅，坚决阻止查理进城捕人。查理一世知道他在首都已经失去支持，于是就带着亲信贵族党羽离开了伦敦，向北撤退。1642年8月，查理在诺丁汉城建立大本营，竖起王旗，正式向议会宣战。在这种情况下，英国人还有什么选择的余地呢？他们只好拿起武器。国王既然以武力来对付人民，人民只好用武力来回敬，内战爆发了。显然，一个用武力来对付人民的政权是不配继续存在下去的，推翻国王、树立议会主权的思想由此开始萌生了。

不过，内战初期，国王仍然占据了主动地位。仓促组织起来的议会军不仅装备和组织水平都不如王军，对战争的目标和正义性还不甚明确，仍然相信国王是“天然统治者”，因此只是消极应战，战绩不佳。后来，议会与苏格兰结盟，双方组建了“两王国委员会”，共同指导作战事宜。接着，议会扩充军队，把各地清教乡绅在本地区招募的子弟兵组建成地方团队，让他们奔赴战场。1644年7月，英苏联军在约克郡的马斯顿荒原大败王军，在这场大战中，奥利弗·克伦威尔崭露头角。不久，战争即发生转折，议会转向反攻，王军失去势头。其后，议会通过《自抑令》，规定一切贵族和下院议员自动放弃军权，军政两务不得兼任，但很快又同意克伦威尔留任议员，同时继续指挥军队。两王国委员会还决定将原来分散的地方团队组合成接受统一指挥的正规军，称“新模范军”。1645年6月14日，新模范军在纳斯比附近大败王军，使内战获得决定性胜利。这以后，战争基本进入扫尾阶段。1646年6月，查理一世离开牛津大本营，向苏格兰军队投降，内战第一阶段结束。

与此同时，议会军中又出现了一个新的政治派别，即“平等派”，其最主要的人物是约翰·李尔本上校。他们提出一个纲领性文件——《人民公约》，表达了人民主权的思想。平等派在中下层士兵中产生了巨大影响，独立派则得到上层军官的广泛支持。为解决军队中的这种分歧，军队从10月底到11月中旬在伦敦附近的普特尼召开全军会议，高级军官及士兵鼓动员都参加了会议，双方就《建议要点》及《人民公约》进行辩论。辩论集中在国家政权形式和选举权问题上，由于平等派与独立派各执一词，始终无法达成任何协议。11月15日，克伦威尔不得不强行终止辩论，命令军官与士兵代表返回自己的团队，却激起广大士兵群众的强烈不满和愤怒，结果克伦威尔逮捕了一些企图起义的士兵，镇压了士兵的骚动。

革命期间，议会征收税款、组织军队、指导战争、成立各种委员会来执行政务，既是立法机关，又是行政机关，还具有司法职能。这种集立法、行政、司法为一体的权力，正可以与革命前国王的无议会统治相比拟，在这种情况下，议会主权的思想形成了。1649年1月，当议会彻底战胜国王时，议会通过决议说：“在上帝之下，人民是一切正当权力的来源；在议会里集会的英国下议院是人民选出并代表人民的，在本国有最高的权力……”这不仅是对专制王权的否定，而且是对人民主权的肯定。这在当时，在17世纪中叶，对整个世界来说，都是一种全新的思想。正是抱着这样一种信念——相信自己代表人民，议会才以人民的名义处死了国王，而使革命发展到顶峰。所有这一切表明：“自由”已经冲破传统，为历史缔造新的原则。在王权因冲破传统而否定自由之后，自由也冲破传统而否定王权，王权和自由在战争的激烈冲突中各自走向最极端，这就是革命。

然而，革命胜利后，人民主权的思想并没有得到贯彻。残缺议会专横武断，军队逐步演变成一个利益集团，它们互相争斗，结果军队于1653年4月驱逐了残缺议会，发动了世界近代史上第一次军事政变。不久，克伦威尔就任护国主，成为无冕之王，他的作为比过去的国王还要专断。他下令召集议会，也下令解散议会，与当年的詹姆士一世和查理一世几乎一模一样；他可以要一个议会装潢门面，也可以不要议会而实行赤裸裸的军事管制，在军管之下，法律不起作用，军事长官可以任意逮捕和处决人；抽税无需经过任何程序，军管当局的命令就是决定，而且这一切还都是在“保卫自由”的名义下进行的。历史似乎跟人们开了一个大玩笑，革命以反抗一个人的专制开始，最终却以另一个人的专制结束。

革命发生时，它是为议会的主权而战的，但议会却未能把革命引向胜利。为了战争的胜利，它不得不把权力交给军队，而退居从属地位。但军队从本质上说又是一种强制的力量，它对于专制比对于民主更适宜。政府的职能由军队代管，军队最终却解散议会。这样一来，革命就手足无措了——既然议会丧失了事实上的最高主权，那么革命所扞卫的原则又应该如何体现呢？理论和实践间产生了不可克服的矛盾，在处死国王后的八年中，英国始终陷在这痛苦的矛盾中不能自拔。它不断试验各种政治制度，选举权一会儿扩大，一会儿缩小；上院先是取消，然后恢复；议会一会儿召开，一会儿解散；法令今天公布，明天取消。王位虽然废除了，但权力却最终落到克伦威尔一个人手里。革命消灭了旧制度，却未能建立新制度。克伦威尔也许并不想独裁，但共和国面对国内外巨大的反动势力，要想维持下去，需要强有力的权力对内打击王党分子，对外抵抗国外武装干涉，在这种形势的逼迫下，他最后一步步走向了独裁。

于是，终点又回到了起点，主权之争重新开始，军队与议会的冲突始终不断。尽管产生议会的方法不断改变，有时甚至由军队直接任命，但议会一旦产生，就会指责军队独裁，指责它把自己置于法律之上。1657年，为了把独裁的护国主置于法律的控制下，议会提出一份叫《谦恭请愿与建议》的文件，主要内容为：请克伦威尔晋身为王，建立一个世袭的王朝；在议会中设立“另一院”，实际上就是上院。这份文件真正的意图是控制不受约束的军事统治，把一个拥有无限权力而又不知道如何去限制他的“护国主”，变成一个只有有限权力而受到议会约束的“国王”，即建立君主立宪制。但这个提议遭到了军队的坚决反对，议会试图在“自由”的旗帜下重建法治的尝试也失败了。及至此时，越来越多的人开始对革命感到失望，因为革命虽然推翻了国王，却没有克服专制，国王的专制变成了军人的专政，而且这个专政比王政时期更加难以控制。

既然革命未能建立起新的政治制度，军人的专政就要发生危机。果然，1658年克伦威尔一死，英国就陷入了无政府状态，他手下的将军开始争夺权力，内战一触即发。在这种情况下，革命走到了尽头。为避免军阀混战，革命阵营中一部分人开始讨论王朝复辟的问题。1660年2月，克伦威尔手下过去的一位将军乔治·蒙克率军进入伦敦。4月，他召开了一个国民议会，决定把政权交给“国王、贵族和平民”，并派人去荷兰与流亡的查理二世谈判君主复辟的问题。查理于是发布《布列达宣言》，声称“若没有议会，君主与人民皆不可有起码程度之幸福”，并宣布：在内战期间没收的王党和教会的土地不予变更；停止宗教迫害；除了直接处死查理—世的人之外，其他反对过君主政体的人一概不予追究。国民会议表示接受这个声明。5月25日查理回到伦敦，斯图亚特王朝复辟，英国又退回到它发生革命的起点上。

革命要解决的实质问题在于：国王与议会谁掌握国家主权？专制王权显然已失去历史的合法性，革命却未能建立新的政治制度。20年的激烈动荡，没有能达到目标，英国人开始重新考虑问题。他们毕竟已踏上了克服专制制度的道路，永不可能回头。一旦复辟的斯图亚特国王们企图使专制制度死灰复燃，新的冲突必将重起。