战舰在本作的地位至关重要，其原因包括但不限于：
·战舰HP和EN都比较厚，并且2L体积，可以承受很多伤害
·战舰可以拉着队员跑路，达到抢时间的效果
·本作战舰的队长能力都是邻接友军增益，这是相当强力的能力
以下以加入顺序介绍
IRON GEAR：疾风机甲萨芬格尔的母舰，机师3人，3插槽，队长能力为邻接友军获得资金+20%
因为是陆行舰，所以不能飞，也不能上宇宙。宇宙关卡，战舰乘员可以换乘陆行机上场。可以变形为陆行机形态，变形后移动力仅有3且原有武器射程-2，但多了两招强力格斗武器。
持有较为廉价的投射MAP，气力要求为110，残弹2发
所有武器对空最高只有B。
月光号：月光州的母舰，机师3-4人，2插槽，队长能力为邻接友军受伤害-10%
没有指挥官技能（在霍兰德身上），但有交响系列的LF能力，生存能力很强。初始移动力为7.
具有集束攻击技能，ALL武器残弹较多。
后期追加孟多奇为sub机师，气合消耗只有10.
最强武器为直线型MAP，气力要求120，EN60，也是这艘战舰的主力武器。
所有武器对地只有B。
GROMAR：超时空世纪艾曼母舰，机师3人，4插槽，队长能力为邻接友军获得资金+20%
具有修理能力和补给能力，相应地战斗能力较差。
精神点数比较厚，后期可以习得很多支援精神。
HP最低的母舰，武装也很薄弱。可以说完全不是战斗用的。
所有武器对地只有B。
帝王比亚尔：赞波特3的母舰，机师3人，4插槽，队长能力为邻接友军对盖索克伤害+40%
除了IRON GEAR之外，持有最高账面的战舰，也是持有最高账面ALL武器的战舰。队长能力非常凶残。
和赞波特3有合体技。
地形适应为宇S。
具有底力L9，生存能力很强。
没有P武器。
自由号：高达X的母舰，机师4-3人，4插槽，队长能力为邻接友军EN消耗-10%
不能飞，也上不了宇宙。具有修理能力和补给能力。初始移动力为7.
只有一个武器，射程2-6可P，对空为B。