一、对于一个野外科研工作者来说，日期的观念是非常精确的，不可能会出现记错写错的情况。那么，彭加木为何会在这张纸条的暑期上出现错把17号记成16号的情况呢？
二、彭加木字条中所留言是自己要往东去找水井。作为一个探险者，特别人在罗布泊的探险者，都应该知道他们所处的环境的危险度是多么高，特别是单独出行的情况。而作为领队的彭加木，有多次出入罗布泊的经验，更应该清楚。而事实证明彭加木事前就曾跟队友们约定过，不能单独外出。那么作为领队的彭加木为何还会明知山有虎偏向虎山行呢？做出有逾越常规的行为？

三、为何要自己独自出去？他是怎么做到的？那么成十个人，在外科研难不成不是在彼此的活动范围内吗？不是以防事变时可以彼此相互照应吗？假如说他一个人可以偷偷的避开成十个人的目光而出去，不被任何一个人的余光瞄到？他怎么做到的？为何要这么做？他们在野外不安排人值班警戒的吗？
四、五月28号彭加木失踪前曾给时任上海科学院生物化学研究所植物病毒研
寻找彭加木究组副组长的陈作义，发出了最后一封信，信中说到他们是一个七人的小分队，但是事实上他们是：中国科学院新疆分院的汪文先、马仁文、阎鸿建、沈观星、陈百泉、司机陈大华、王万轩、包纪才和驻军某部队的无线电发报员肖万能，包括彭加木自己一行一共是十个人。那么在写信时的其他六个人是谁？其他四个人又是在什么时候什么地点什么原因加进去的？

五、80年代的人，作息和用餐习惯是相对准时的，不象现在的人们，肚子饿时才会弄食的。那么彭加木字条中说10点30分就出去找水了，他们为何到下午1点钟时才因为去车里拿前服时才会发现呢？中午12 点时不用吃饭的吗？几个小时的时间不用跟领队打招呼吗？据说他们面临缺水缺油的严峻状况，这样几个小时的时间难道就没有想跟作为领队的彭加木再讨论点情况和计划吗？
六、据说16号晚经一翻争论后，彭加木一改之前的决定，最后同意并起草了向军队说明情况并求助的电报，17号早上9点多钟军队给予了肯定的回复。那么彭加木为何还要在一个小时后还决定采取用留言的方式独自去面对风险呢？难道他不清楚哪怕他真能找到了水，那油呢？不求助部队，他能解决车油的问题吗？不解决车油的问题，取了经的他们要怎么回去？更别说还要继续进行其他路线的科研了！

七、据发现彭加木留条的司机王万轩说，字条是夹在地图册上的。彭加木找水，随身带走了两部照相机和其他科研资料。不明白的是他为何会留下可以查找方位的地图呢？作为野外科研者，地图和指南针是不可能不会时刻带在身的物件，更何况他是为了去找水？不用地图吗？会不会他是在查看地图后才作出的行为呢？查看地图除了找水，还有没有其他目的？
八、罗布泊是个大风常吹的地方，既然大风可以在几个小时的时间内吹沙掩藏掉彭加木的尸体，那为何不会掩藏掉他的脚本印呢？他们发现彭加木休息过的一个芦苇包和他食后的白兔糖纸？谁先发现的？又是什么发现的？一个人先发现后来才告诉其他队友的吗？白兔糖纸是人为挂在芦苇上的吗？亦或是风吹挂上去的？芦苇不是沙地植物吧？那么有芦苇的地方是否说明有水分呢？据王万轩后来回忆说几年后去找他，发现当时找他时的车印还在。这就说明彭加木被风沙掩埋的可能性极低。

九、有信息说“16号到17号上午括了一场8···10级的大风，黄沙滚动，天昏地暗。。。。。。到我们7月10号第三次寻找时，还能看到6月16日捕获的那只野生小骆驼，已深深的掩埋在流沙中，仅露一只腿”。“6月16日下午捕野生骆驼一战，晚上为大家煮骆驼肉又几乎整夜没有入眠”。16号到17号上午刮了一场大风，作为有经验的彭加木明知在沙漠刮大风的情况下还独自一人出外找水？为什么？几个小时的脚本印都没盖掉，一个活人就在拉网式的搜寻中失去了踪迹？差不多一个月后的骆驼还能看到,彭加木的尸体就几小时不见了？他们缺粮食，为何还留下他们捕获的野生骆驼的尸体？
十、除了科考队发现的足印，直升飞为何不再发现任何蛛丝马迹？

十三、2007年又有人发现五大相似特征的尸体，法医需要彭加木亲人血液监定DNA，为什么其亲人都不愿意进行相监定？他们不愿意找回他们的父亲吗？不愿意找出真相吗？不愿意打破彭加木判逃的谣言吗？不愿意找回他父亲的信誉吗？ 要不，那又是什么原因？
十四、据说当时的温度有50多度，有人疑问：50多度的天气为何会去车里拿衣服？为什么？

二十三、作为本该与彭加木一起进行此次科研的夏训诚，事后进行了26 次罗布泊寻彭加木之旅，为什么？
基于上面这些疑点，可以得出字条是真的为彭加木所写，日期也是为彭加木所改。并且得出结论认为：
彭加木失踪，其实是一个阴谋，是为了掩藏某个秘密。彭加木一行，肯定是发现了一些什么，而这些东西不能告诉于世人，只有形成一个新的借口，那就是让彭加木这么一个重要的人物失踪，而后才能有各种理由和借口进行后续的大规模工作。而后所组织的种种搜寻活动，都只是借题发挥，以搜寻彭加木为幌子，秘密进行真实目的。