游戏开始: 

“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是奥基德博士(ォ—キド)。 
正当少年红(レット)要独自出村，博士叫住了他，并告知草丛里气息着野生的ポケモン(ポケットモンスタ—的略称)。除非上边带着自己的ポケモン，不然会很危险，当下不由分说，将少年带到了他的研究所。 
故事就这么拉开了序幕,玩家所扮演的角色就是名叫红(レット)/绿(グリ—ン)/蓝(プル—)的少年(当然你也可以自己取名字),住在马萨拉村(マサラ)。肯随着博士到达研究所，同时业余上了博士的孙子，另以为名字叫红(レット)/绿(グリ—ン)/蓝(プル—)的少年(当然也可以自己取名字，就起你的情敌的名字吧，我叫他蛋蛋， ^_*)博士让你在他所拥有的三只ポケモン中任选一只相赠（三只ポケモン分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。（黄版则博士直接给你皮卡丘，没的挑的）挑好后，蛋蛋也选了一只，并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。 
辞别了博士，可以离村了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少怪物，好好练一下级吧。很快便来到了永恒村（トキヮ），在Shop里，从店主手里得到ぉとどけもの。连忙赶回研究所将它交给博士，于是指令中多出一项ずかん（图鉴），这意味着可以开始着手收集ポケモン的工作了。顺便再去一趟邻居家，拿到タゥンマップ（镇子地图），可以正式出发了。 
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林（トキヮのもり）才能找到出路。在森林里会首次遇上怪物教练（ポケモントレ—ナ—）这种身份的人，而与之交战是监视大多数怪物的重要手段，所以千万不要错过。 
我走出了森林，发现已来到了尼维村（ニビ）。村里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外我还发现有一间物资标有GYM的记号，推门而入才知道这个世界的八位首领（リ—ダ—）之一就住在这里。不过我才不理会那些，相信自己的实力，果然很轻松的就打败了他，还得到34号机器以示鼓励。 
在雕像出发现了蛋蛋的签名，才知道他已先到一步，并且也打败了首领。此时村右的道路可以通行了，但一路上危机重重，好不容易才摆脱了怪物教练们的纠缠，来到欧基米山脚下（ォツキミゃま）。洞门口有一间POKE内会遇上一个卖ポケモン的，虽然以后可以通过其他方法得到，但早一点培养总不是坏事，虽说要多花500元，此ポケモン位列129号，就是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，但至20级后摇身一变，厉害异常。 
我来至洞内，一面战斗，一面前进，虽然有点累，但收获不小。途中所得各宝物中有一名为月之石（つきのぃし），能使某些物种立即进化。在打败这里的首领后，他让我从他身后两块古代物种化石中选一块（以后有大用处，妥善保管哦）。出了山洞（注意：皮卡丘版的在出洞之前要和突然出现的火箭队火拼一场，赢了才能出去），便是宝蓝村（ハナダ）。不出所料，第二位首领在此，上门去好好请教一番吧。村子里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的（就算你有钱，他也不卖）。 
正要过村北的桥时，遇到了久违的蛋蛋，不免又要“惺惺相惜”一番。幸好我未曾搁下武功，仍然取胜。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成怪物模样的正木（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后，正木走进那台机器，而我去操纵桌上的主控电脑。一阵嘈音过后，正木成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给我一张船票（ふねのチケット），难道可凭此乘船游览一番么？带着疑问，我回到宝蓝村，发现右面屋门口的警卫让开了路，进去瞧瞧。哇噻，屋内一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而后又打破了墙逃走了。我立刻追上去，果然在屋后发现一个形迹可疑的人，未谈几句就露出真面目，我毫不客气地狠扁了他一顿，还从他身上搜出了28号机器。