魏国朝廷以蜀汉军远道而来利在急战,每次皆命司马懿持重,以候其变。诸葛亮数次挑战,司马懿均坚守不出。此时吴三路大军已为魏退走,对峙百余日后,诸葛亮派人给司马懿送来女人的服饰来羞辱他,司马懿仍不出战,为平息部属不满情绪,故意装怒,上表请战。曹叡下旨不许,派辛毗杖节来做司马懿的军师。诸葛亮又来挑战,司马懿就做出要带兵出击的样子,辛毗杖节立于军门,司马懿便不出兵。这连敌军诸葛亮和姜维也看出司马懿不过做戏。
司马孚曾写信询问军事,司马懿回复:“诸葛亮志大而不见机,多谋而少决,好兵而无权,虽提卒十万,已堕吾画中,破之必矣。”诸葛亮分兵屯田,做长久屯驻之准备。期间司马懿曾询问诸葛亮的使者,得知其每天所食之少和处理政事之多,断定他命不久矣。不久诸葛亮病故于五丈原军中。蜀将秘不发丧,整军后退。当地百姓见蜀军撤走,向司马懿报告,司马懿出兵追击。姜维令杨仪返旗鸣鼓,做出回击的样子,司马懿以为中计,急忙收军退回。第二天,司马懿到诸葛亮营垒巡视,找到了不少军书、粮食,这才断定诸葛亮已死,于是率兵急追。关中地多蒺藜,司马懿派二千士兵脚穿软材料做成的平底木屐,在大军前行走,蒺藜都刺在木屐上,然后大军马步并进。一直追到赤岸,这才得到诸葛亮的确切死讯。当时百姓为之谚说:“死诸葛走生仲达。”司马懿闻后笑说:“吾便料生,不便料死故也。”蜀将杨仪、魏延在撤军时争权,杨仪杀死魏延。司马懿想乘机攻蜀,曹叡没有批准。
青龙三年[235年],司马懿升任太尉,并多次增加封邑。司马懿遣牛金击走入寇的蜀将马岱,斩千余级。武都氐王苻双、强端率领其部属六千余人来降。
关东缺粮,司马懿就从长安运粟五百万斛支援京师。
景初二年[238年],辽东太守公孙渊反,征司马懿入朝。曹叡问他预料公孙渊有何对策,司马懿回答曰:“他弃城而走为上计。他据辽水以拒大军为中计。他坐守襄平则必为我所擒。”曹叡再问司马懿有何计谋,他回答:“惟明智者才能深知自己与对方之能,他必不会先弃城而走。他估计我军远征不能持久,必先拒于辽水而后守,此中下计也。”曹叡再问此战需时多久,他回答:“往百日,还百日,攻百日,以六十日为休息,一年就足够。”
当时曺叡大修宫室,再加上征战军事,水旱天灾,百姓饥弊。司马懿出征前劝谏:“以前周公旦建洛阳,萧何造未央,今宫室未备,臣的责任。但黄河以北的百姓困穷,外要应付军役,内又有建宫室之力役,势不并兴,应停止内务,以救现时之急。”
司马懿率牛金、胡遵等步骑四万人,从京师出发讨公孙渊。经孤竹,越碣石,进至辽水。公孙渊令大将军卑衍、杨祚等人率步骑数万,依辽水围堑二十余里,坚壁高垒,阻击魏军。司马懿采用声东击西之计,先在南线多张旗帜,佯攻围堑,吸引敌军主力,而以主力隐蔽渡过辽水,逼进敌营。接着,不攻敌营,却挥师直取公孙渊根据地襄平。遂迫使敌军放弃围堑回军救援襄平。司马懿督军回首山,迎战敌援军,三战皆捷,于是乘胜进围襄平。适逢连降大雨,辽水暴涨,平地数尺,魏军恐惧,诸将思欲迁营。司马懿下令有敢言迁营者斩,都督令史张静违令被斩,军心始安。公孙渊军乘雨出城,打柴牧马,安然自若。魏将领请求出击,司马懿不予采纳。接着,司马懿还将计就计,故意示弱。朝廷听说雨大敌强,不少人请求召还司马懿,曹叡却认为司马懿可以临机应变,一定能够获胜。不久,雨停,水逐渐退去。魏军完成对襄平的包围,起土山、挖地道、造楼车、钩梯等攻城器具,昼夜强攻。城内粮尽,死者甚多,其将杨祚等降。时偶有流星自城西南向东北划过,坠落在梁水附近,城中愈发震恐。公孙渊也很惊惧,派他相国王建、御史大夫柳甫请求投降,司马懿斩杀使者,不接受投降。公孙渊欲从城南突围,司马懿纵兵击破其军,公孙渊战死在梁水边上星落之地。入城后,司马懿屠戮十五岁以上男子七千多人,筑造京观,把公孙渊所任公卿以下一律斩首,杀死将军毕盛等二千多人。收编户四万,人三十余万。
当有兵士寒冻乞襦,司马懿不给予,有人便建议可以赐多余的故襦,司马懿回答:“襦者为官物,人臣无私施授。”乃奏军人年六十已上者罢遣千余人,将吏从军死亡者致丧还家。遂班师回朝。曹叡遣使者劳军于蓟,增封食昆阳,并前二县。
景初三年[239年],曹叡病危,司马懿大遽,乃乘追锋车日夜兼行,自白屋走了四百余里,入嘉福殿曹叡的卧床。司马懿流涕问疾,曹叡执其手,望向曹芳说:“以后事相托。死乃复可忍,吾忍死待君,得相见,无所复恨矣。”
曹芳即位,年仅八岁。司马懿与大将军曹爽一起接受遗诏辅佐少主,司马懿任侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事,和曹爽各统精兵三千人,共执朝政。后来,曹爽欲排挤司马懿,想让尚书奏事先通过自己,以便专权,向天子进言,改任司马懿为大司马。朝臣们认为以前大司马,有好多都死在任上,不吉利,于是任命司马懿为太傅,像汉代萧何那样,入殿不趋,赞拜不名,剑履上殿。
齐王正始元年[240年],东倭重译纳贡,焉耆、危须诸国,弱水以南,鲜卑名王,皆遣使来献。曹芳认为是得功于司马懿归美宰辅,又增封邑。
曹叡在位时爱修宫室,制度靡丽,百姓叫苦。司马懿自辽东还后,役者犹万余人,雕玩之物动以千计。司马懿便上奏请罢之,节用务农,天下欣赖焉。
正始二年[241年],孙权分兵四路攻魏,司马懿请求出兵征讨。到达樊城后,司马懿先派轻骑挑战,吴军不敢应战,于是司马懿便休养土卒,检选精锐,招募勇士,发布号令,摆出攻城的架势。吴军惊惧,连夜撤退,在三州口,为魏军追到,吴军损失万余人,船舰物资损失很多。而进攻其余地方的吴军也无功而还。战后,增封郾、临颍为司马懿的食邑,前后一共四县,达到一万户,子弟十一人都封为列侯。司马懿的勋德日盛,态度却愈谦恭。以太常常林乡邑旧齿,每次遇皆拜。常戒其子弟说:“盛满者为道家之所忌,四时犹有推移,吾何德以堪之。损之又损之,庶可以免乎!”
正始三年[242年],朝廷追封司马懿之父司马防为舞阳成侯。奏请开广漕渠,引黄河之水入汴水,以溉东南诸田,为魏大规模于淮北屯田的开始。
正始四年[243年],司马懿率军征讨吴将诸葛恪,军队到达舒城,诸葛恪果然如早先司马懿所预料的那样,焚烧积聚,弃城而走。
司马懿以灭贼之要在于积谷,乃纳邓艾之计大兴屯守,开淮阳、百尺二渠,又修诸田于颍水南北,万余顷。自此淮北仓庾相望,寿阳至于京师皆有农官屯兵统属。
正始五年[244年],大将军曹爽欲立威名于天下,不听司马懿劝止,出兵伐蜀。结果被蜀将王平阻挡于兴势,后方也军粮供应不上,牛马骡驴大量死亡,蜀援军相继到达。曹爽见不能胜,被迫听从司马懿的劝告,率大军退还,遭蜀军截击,魏军苦战,损失严重。
正始六年[245年],曹爽废置中垒、中坚营,把两营兵众统交他的弟弟曹羲率领,司马懿引先帝旧例制止,曹爽不听。
正始七年[246年],吴兵入侵柤中,有万余家百姓为避吴兵,北渡沔水,司马懿认为沔南离敌太近,倘若百姓奔还,还会引来吴兵,应该让他们暂留北方。曹爽不同意,驱赶百姓南还。吴兵果然击破柤中,损失百姓数以万计。
正始八年[247年],曹爽用心腹何晏、邓扬、丁谧之谋,把太后迁到永宁宫。一时间曹爽兄弟独霸朝政,掌管禁兵,多树党羽,屡改制度。司马懿不能禁止,于是伪装生病,不问政事。时人有歌谣:“何、邓、丁,乱京城。”
正始九年[248年],曹爽党羽河南尹李胜要到荆州任刺史,临行前去拜望司马懿。司马懿假装病重,耳聋并且胡涂,曹爽等从此不再防备司马懿。
嘉平元年[249年],魏帝曹芳离开洛阳去祭扫魏明帝的坟墓高平陵,曹爽兄弟均跟从。司马懿乘机上奏永宁太后,请废曹爽兄弟,史称“高平陵事变”。当时,司马师为中护军,率兵屯司马门,控制京都;召司徒高柔假节行大将军事,管领曹爽军营;召太仆王观行中领军事,统摄曹羲军营。司马懿自己率太尉蒋济等勒兵出迎天子,驻扎在洛水浮桥,派人上奏章给皇帝,陈说曹爽罪行。曹爽扣住奏章,不让皇帝知道,把皇帝留在伊水之南,砍伐树木建成鹿角,征发屯兵数千人以自守。桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去,发文书征调天下兵马勤王。曹爽优柔寡断,不能听从他的建议,反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿,探听动静。司马懿乘机数说曹爽的过失,说他该早自归来服罪,接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说,朝廷只是免他的官职罢了,并以洛水为誓。曹爽欲信其言,桓范等人援引古今,百般劝谏,从晚上一直劝到第二天黎明。劝到最后,曹爽还是投刀于地,放弃抵抗,把司马懿的奏章给皇帝看,请皇帝下诏免去自己官职,随皇帝进入京城。
曹爽兄弟一回府,即被司马懿派兵包围。司马懿在曹爽府宅四角修造高楼,让人在楼上密切监视着。不久,司马懿以谋反的罪名,杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓扬、毕轨、李胜、桓范等,并灭三族。从此曹魏的军政大权落入司马懿的手中。同年,皇帝任命司马懿为丞相,增加封邑,前后共八县,两万户,特许奏事不名,司马懿坚决推辞丞相之职不受。又退让不受九锡之礼。
嘉平二年[250年],曹芳命司马懿在洛阳立庙。司马懿久病,不任朝请,每遇大事,天子亲自到他府中去征询意见。兖州刺史令狐愚和太尉王凌见皇帝孱弱,强臣专权,谋立楚王曹彪。
嘉平三年[251年],王凌借口吴人塞涂水,请求出兵征讨。司马懿知其阴谋,不令兴兵,并亲自率中军讨伐王凌,九日便到达甘城。王凌自知势穷,便主动请罪,被押送洛阳。途中,王凌服毒自杀。司马懿进军寿春,参与王凌之谋的人都出来自首。司马懿推知其事,凡牵连在内的一律诛灭三族,还挖开王凌、令狐愚的坟墓,暴尸毁坟。之后,司马懿把楚王曹彪也杀了,并把魏之王公全部拘捕,放置邺城,命有司监察,不准他们互相交结往来。魏帝曹芳下诏封司马懿为相国、安平郡公,孙子以及哥哥的儿子各一人封为列侯,前后食邑共五万户,封侯者达十九人。司马懿坚决推辞相国、郡公之位不受。同年,司马懿病逝,葬于河阴,曹芳素服临吊,丧葬威仪依汉霍光故事,追赠相国、郡公。弟司马孚表陈他的遗志,辞郡公及辒辌车。谥号文贞,后改为文宣。
陈留王咸熙元年[264年],晋国初建,追封司马懿为晋宣王。
晋武帝泰始元年[265年],晋武帝代魏,追尊司马懿为宣皇帝,称其陵墓为高原,庙号高祖。
司马懿为人内忌而外宽,猜忌多权变。曹操知道他有野心,听说他有狼顾之相,便他召来,先让他朝前走,然后让他回头看。司马懿居然能脸正面朝后而身子不动。曹操又曾经梦见三马同食一槽,醒后很不高兴,于是便想干掉司马懿,幸亏得曹丕跟司马懿关系好,常常保护他,而司马懿表现得十分谨慎,干活夜以继日,甚至去管理养马这类的琐事。曹操这才稍稍放心,搁置了处置司马懿的念头。司马懿在曹操去世后节节高升,最终掌握了魏国大权。司马懿平公孙渊之时,大肆杀戮;诛曹爽之时,党羽都被夷及三族,男女无论长少,姑、姊、妹等已嫁人的女子都全部杀掉。东晋明帝时,王导侍坐。明帝问前世为何能得到天下,王导于是陈述司马懿是怎样创业的,又提到司马昭时高贵乡公曹髦被弑之事。明帝将脸埋于床上羞愧地说:“如你所言,晋朝如何得以长久啊!”