1、直接免疫荧光（Direct immunofluorescence/ Direct immunofluorescent assay，DIF/DFA）：这是最早的方法。其基本原理是用已知的抗体标记上荧光素后成为特异性荧光抗体，染色时将该抗体直接滴在载玻片上进行孵育，使之直接与载玻片上的抗原结合，在荧光显微镜下直接观察，做出判断。
优点：简单易行、特异性高、快速方便，可用于细胞骨架蛋白和一些表达丰度高蛋白的检测。
缺点：敏感性差，商品化荧光标记的一抗很少。
2、间接免疫荧光（Indirect immunofluorescence/ Indirect immunofluorescent assay，IIF/IFA）：该法的基本原理是用特异性的抗体与切片中的抗原结合后，继用间接荧光抗体，与前面的抗原抗体复合物结合，形成抗原抗体荧光复合物。在荧光显微镜下，根据复合物的发光情况来确定所检测的抗原。
优点：由于结合在抗原抗体复合物上的荧光素抗体增多，发出的荧光亮度强，因而其敏感性强。目前本法应用较广泛，只需制备一种种属荧光抗体，即可适用于多种第一抗体的标记显示。
缺点：特异性要差于直接免疫荧光
优点：简单易行、特异性高、快速方便，可用于细胞骨架蛋白和一些表达丰度高蛋白的检测。
缺点：敏感性差，商品化荧光标记的一抗很少。
2、间接免疫荧光（Indirect immunofluorescence/ Indirect immunofluorescent assay，IIF/IFA）：该法的基本原理是用特异性的抗体与切片中的抗原结合后，继用间接荧光抗体，与前面的抗原抗体复合物结合，形成抗原抗体荧光复合物。在荧光显微镜下，根据复合物的发光情况来确定所检测的抗原。
优点：由于结合在抗原抗体复合物上的荧光素抗体增多，发出的荧光亮度强，因而其敏感性强。目前本法应用较广泛，只需制备一种种属荧光抗体，即可适用于多种第一抗体的标记显示。
缺点：特异性要差于直接免疫荧光
