可能有人看了结局会感到不理解，其实很简单。
最后明确指出，JAM想要的是对外物的认知，所以不断复制和模拟。大胡子司令想要保住雪风获得JAM资料带回地球，JAM想要认知雪风和零的关系，以雪风为目标对最后的回归地球部队展开拦截，所以准将抗命让雪风出发作为诱饵和三台轻骑士搭载的核弹吸引所有敌人并消灭，以此畅通空间通路让回归部队顺利撤离。
结局可以理解为两个，我先说第一个。
那个女作者去和零的好基友见面，走后从车的后视镜看到零，这里可以猜测的第一个结局是为了保护雪风和零，他们两个的关系（人机恋），零没了雪风是不可能的，但是，零搭载了JAM资料，所以为了保护（人机恋）零和雪风篡改事实，说他们失踪了，毕竟对零来说如果特殊战结束那肯定不能再驾驶雪风（中间雪风摧毁那个部分，零神经失常瘫痪）。
再说第二个，在结尾曲之后还有一小段动画，这就促成第二种结局，JAM本身就没有被调查清楚，所以最后真的被雪风吸引并摧毁了吗，有可能雪风和零被JAM留在菲雅丽星，活在被JAM复制出来的整个回归部队撤离前的虚拟现实里，回到地球没有雪风的零和没有零的雪风是没有意义的，不如留在虚拟现实里继续并肩作战（人机恋），这种结局对零和雪风何尝不是幸福。