我对于东晋的历史不太了解的，这里只谈谈个人见解。
东晋南朝历史在整个中国历史来说，特别是对于南方来说，是非常重要的。从东汉初埋下祸根，到羌乱、五胡乱华、北方经济第一次全面的衰退，虽然这个衰退不是不可逆的，以后仍然有复苏。于是同时，大批人口迁移到南方，开发南方。在西汉时期，南方人口不到全国人口的20%，而到东汉，南方人口增长之后，仍然不到全国人口的30%。东吴、东晋对南方开发之后，南方人口大幅度增长，在南朝时期除开大的战乱之外，都接近或者略微超过2000万人，占当时全国人口35%到50%左右。这是第一次经济重心南移，这次南移之后，南京一带、荆州一带、成都一代的繁荣程度次于河北南部和洛阳，已经超过关中地区。第二次经济重心南移是安史之乱，北方大乱，南方发展，南北方经济实力逐渐形成五五开的地步，并且在两宋时期南方渐渐强大。题外话是，第三次经济重心南移是金末、南宋中后期，蒙古给北方造成几乎毁灭性的打击，南北方人口比重一度达到八比二之多。
两汉时期，中央对南方的控制还是点状、线状慢慢发展的情况。东吴直到东晋之后，情况大为不同。山越在东晋时期就平定得差不多了，在扬州新设了很多个郡，也说明这个时候新的移民非常多。随后，四川南部、湖南西部以及福建两广都在开发，虽然广东西部和广西仍然有大量当地原住民的实力，不过他们被分割削弱了。两广地区在南梁之后设立大量州郡，这些州郡区别于南北方交界大量的侨州侨县，主要针对当地原住民。
南朝（东晋和南朝是一脉相承的）文化保持着汉魏以来的繁荣，这个时候北方文化衰退，被南方超越。北方文化复兴是孝文帝改革，隋朝建立之后慢慢发生的事情。
东晋的情况非常特殊，官僚系统我没有搞清楚，不过发现的一点想象是，中央的权臣在地方是有巨大势力的，地方虽然有大量实力派，也并没有脱离中央而独立。各个权臣轮番对朝廷产生重大影响，却都没有试图代替东晋王朝。直到桓玄大破了平衡，桓玄打破平衡之后，司马家族和桓家势力都收到大幅度削弱，收拾海盗孙恩、卢偱，平定桓玄出身的刘裕站上舞台。而且刘裕称帝后杀死司马几乎全族，从这个层面上看，刘裕靠军功上台，并且杀死前朝全族，也算是一个新的历史起点了。
东晋并非大家印象中的弱鸡。不知道谭其骧地图集为什么采用东晋疆域最小的一年作为形势图。东晋有3次大规模的北伐，每次北伐都把国界线推到黄河一带，不过不知道什么原因，并没有守住国界线，新的土地往往被北方新的强者尝试掉，然后再次被推到淮河一带。