从创建于1907年的福建优级师范学堂史地专科至今，本校地理学科已走过近百年历程。1952年福建师范学院始建地理系，1958年成立中科院华东分院福建地理所（1964年更名为福建地理研究所）；1970年（文革期间）系所均被迫停办；1972年和1982年先后复办福建师范大学地理系（后增设旅游系和土地与城市系）和地理研究所；1999年8月，由地理系和地理研究所组建地理科学学院。
经过几代人的不懈努力，学院在学科建设、教学科研、师资队伍、人才培养等方面不断登上新台阶，已成为居全国高师同类院系前列、在我国东南部地区起学科辐射作用的地理、资源与环境领域人才培养基地和科研机构。学院曾多次获校思想政治工作、文明校园建设、产学研和科研管理先进单位等荣誉称号。
目前学院形成比较完整的办学体系和支撑体系，拥有地理学博士后科研流动站，地理学一级学科博士点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源、生态地理学等5个博士点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源、生态地理学、生态学、土地资源管理、水土保持与荒漠化防治、旅游管理等9个硕士点和教育硕士点地理教育方向，地理科学（国家理科基地）、地理科学（师范）、地理信息系统、资源环境与城乡规划、生态学、旅游管理等6个本科专业。设地理学国家理科基地、地理系、资源与城市规划系、地球信息科学系、生态环境系、旅游系，有福建省亚热带资源与环境重点实验室、福建省高校湿润亚热带生态地理过程重点实验室、福建省地理实验教学示范中心，地理研究所、城乡规划设计研究所、生态文明研究所、旅游研究所，自然资源研究中心、亚热带湿地研究中心、地球信息科学研究中心、人口与发展研究中心、旅游规划设计中心等教学科研单位。福建省地理学会、自然资源学会、天文学会、生态文明研究会、教育学会地理教学研究会挂靠学院。
学院拥有一支结构日趋合理的师资队伍，现有专任教学科研人员116人，其中有国际欧亚科学院院士2人，博士生导师12人，国家自然科学基金委员会第十二届专家评审组成员1人，教授20人，副教授32人，博士（含在读）62人。
近5年来，学院先后承担国防科工委项目1项，国家自然、社科基金以及国家部委项目16项，经费约2800万元。科研成果获省部级以上奖励23项。发表论文733篇，其中SCI、EI收录39篇。出版专著38部。2008年，学院承担高层次科研项目方面继续保持良好态势，获国家自然科学基金人才项目1项（180万元），面上项目4项；获省基金资源与环境领域项目6项，占全省1/3。近5年来，学院继续发展学科优势，积极承担了福建省资源与环境五年计划及中长期科技发展规划，福建省生态功能、主体功能区划，福建省土地利用总体规划修编试点研究，福建省重点港湾海域使用规划，全省土壤污染大调查，海洋资源价值绿色评估及其应用等一系列任务，承担厅级与横向协作课题100项，课题经费近1500万元。