1.肝母细胞瘤的预后与组织类型有关，根据组织类型可估计预后，胎儿型最好，其次为胚胎型，间变型最差，混合型则视上皮和间叶成分的分化程度而异。国外报道胎儿型的6年生存率可达71%～100%，而胚胎型则仅为20%～31%。Schmidt等对29例肝母细胞瘤作DNA分析发现，胎儿型常为二倍体，胚胎型和间变型以非整倍体多见，且二倍体预后较非整倍体好。但也有一些学者认为组织类型和染色体倍体都与预后无明显关系。
2.完全切除病变与预后直接相关，即初次手术后达到I期还是Ⅱ期。化疗和肝移植使得90％的病例可手术切除，以致总体存活率达65%～70％。 
Ⅰ期存活率几乎为100％，Ⅱ期存活率为80％。观察AFP水平对手术和化疗的反应可以预 测疾病的预后。初次诊断AFP水平在100～1 000 000ng/ml预后较好；<100mg/ml或>1 000 000ng/ml，预后则较差。其他预后相对较好的因素有肿瘤限于1叶、胎儿型和多灶性播散（较肝内单一病灶而有远处转移和血管浸润好）。 
3.对化疗敏感者预后较好。