我们公司（A）和另一个公司（B）联合开发了一套软件系统，现在软件基本已经做好了，但双方先闹变扭了，但是著作权归属又不清楚，B又不愿意给我们分软件利益所得，现在怎么办？如果走法律程序，法院是否会马上禁止我们双方使用该软件进行商业活动，谢谢。