在愤怒国，扎哈尔加入了圣教骑士团，并且被视为下一任领主的候选人。这时候扎哈尔察觉到了骸的存在，并且对骸的存在感到很不爽，于是退出了圣教骑士团，回到愤怒国建立了对抗圣教骑士团的影之梅萨亚。影之梅萨亚的另一个创始人是来自怠惰国的杀手尼格尔。尼格尔是暗杀家族莱茵哈特家族的次子，主线第二章的黄毛男主全名埃德加.L.莱茵哈特，应该是尼格尔哥哥的后代。
影之梅萨亚第一个主要成员是愤怒国的孤儿伊拉，扎哈尔认为伊拉很有战斗天赋，但是他自己不擅长和别人打好关系，于是让尼格尔负责调教伊拉。
影之梅萨亚攻击了骸进行贤者之石实验的研究所，救出了作为实验品的梅雅，随后扎哈尔打算自己进行贤者之石的研究。
作为报复，骸杀死了协助扎哈尔进行研究的愤怒国贵族，扎哈尔救出了他的女儿丝碧卡和西尔玛。他并没有让她们加入影之梅萨亚，而只是带在身边作为在军中的部下。后来丝碧卡察觉到了影之梅萨亚的存在，主动要求加入。

在愤怒国，除了作为影之梅萨亚的首领以外，扎哈尔的表面身份是愤怒国的将军，负责对嫉妒国的作战。在战斗中扎哈尔和嫉妒国的绯炎骑士团团长维特尔结为宿敌，在某一次决斗中两人各伤了一只眼睛。
巴贝尔第一章就是绯炎骑士团的故事，但是主角却并不是维特尔，而是空降的副团长杰拉特。维特尔，杰拉特和娜塔莉三人从小一起长大，并且娜塔莉从小就喜欢杰拉特。后来维特尔就读于嫉妒国骑士学校，和卡达诺巴成为同学。毕业以后，维特尔和杰拉特娜塔莉组建了一个佣兵团，但是后来又突然退出佣兵团加入圣教骑士团，并且一度成为团长，杰拉特对此一直耿耿于怀。再后来维特尔又突然退出圣教骑士团与杰拉特重聚，杰拉特非常生气，于是砍了维特尔，不过最后还是原谅了他并且接受他回归。维特尔将佣兵团的名字改成了绯炎骑士团，后来因为救驾有功，绯炎骑士团得到嫉妒国的收编而转正。
莲接受了刺杀绯炎骑士团团长的人物，随后被杰拉特击败，莲加入了绯炎骑士团。
杰拉特小时候，他的老爹因为拯救一个兽人村子而死，事后那个兽人村子却对此并没有感激，此事成为了杰拉特的童年阴影，不过多年以后，杰拉特还是不计前嫌再次拯救了那个兽人村子，因此收获了一个迷妹妮娜。
影之梅萨亚因为针对圣教骑士团，所以在外界是一个恐怖组织的形象，为了对付影之梅萨亚，绯炎骑士团派莲作为卧底潜入影之梅萨亚，至此影之梅萨亚主要人物基本到齐。影之梅萨亚基本上就是个一盘散沙的组织，只有蕾迪亚和尼格尔算是和扎哈尔一条心，伊拉是纯粹的战斗工具，并且本身也不爽扎哈尔，梅雅不算是正式成员，思想也与其他人格格不入，丝碧卡只是因为喜欢扎哈尔而加入，本身也和他理念不合，西尔玛只喜欢丝碧卡，并且也不爽扎哈尔，莲更是直接就是卧底。

骸向愤怒国王室施压，于是愤怒国王室把扎哈尔从前线调去训练新兵，扎哈尔察觉不妙于是辞职跑路，路上救下了在绵津见事件中失去妻女的泽恩，于是泽恩暂时加入影之梅萨亚。
骸派人围剿扎哈尔，尼格尔替扎哈尔挡了一刀，因此领了便当。随后扎哈尔杀死蕾迪亚，利用她的血进化为暗之王，这一幕被丝碧卡看到，影之梅萨亚的成员从此各奔东西，扎哈尔成为了孤家寡人。

圣石第一章中，维特尔和圣教骑士团第四团团长卡达诺巴回到嫉妒国骑士学校主持新生的试炼仪式。卡农和克洛伊此时是骑士学校的新生，年纪大约是13岁，维特尔和卡达诺巴闲聊时提到他们20年前也是骑士学校的见习骑士，因此两人年龄应该是33随。
在试炼仪式上，已经进化为暗之王的扎哈尔突然出现并且挟持了克洛伊，卡达诺巴牺牲自己，和扎哈尔一起被封印到真理之门后面。事件结束以后，卡农加入了圣教骑士团，克洛伊加入了绯炎骑士团。
圣石第二章紧接着第一章，卡农被分配到卡达诺巴之前所在的第四团，结识了副团长魔枪和神乐。此时神乐比卡农小一岁是12岁，而魔枪比神乐大七岁为19岁，绵津见事件大约发生在神乐8岁的时候。卡农接到的第一个任务是保护绵津见的巫女千早，而想要杀掉千早的是斩月。卡农三人击退了斩月，而在他们离开以后，瓦吉那欧派骸的刺客杀掉了千早并且嫁祸给圣教骑士团，一直喜欢千早的黎明因此将圣教骑士团视为仇敌（所以之前斩月要杀千早的时候你去哪里了）

圣石的红龙姬外传应该发生在第一第二章同一年，主角是第二团团长卡亚。此时圣教骑士团主要成员有：
领主扎因，第一团团长亚拉乌斯，第二团团长卡亚，副团长蒙泽因，团员赛达，第四团团长卡达诺巴，副团长魔枪，团员卡农和神乐，第六团团长欧提玛，第七团团长拉琪娜，斥候风早。已经退团的前成员有扎哈尔，马格努斯和威尔海姆。
在这一时期，亚拉乌斯和赛达都是短发，蒙泽因也没有留胡子。
扎因和卡达诺巴是多年好友，两人少年时代曾经一起在铁匠克瑶极门下修行，在那时认识了克瑶极的女儿缪娜。卡亚和扎因也是多年好友，并且两人也互相喜欢，但是一直都没有表达心意，在外传里，卡亚感觉自己与圣教骑士团理念不合，于是退出了圣教骑士团去探寻世界的真相。卡亚离开以后，瓦吉那欧派骸去刺杀卡亚，卡亚为了保住性命，将自己封印在圣石复制品中，直到数十年后的后圣石时代才苏醒过来。

巴贝尔五章上篇的暗线主角马格努斯经历和卡亚非常相似，两人都是怠惰国出身，都加入了圣教骑士团，都觉得圣教骑士团和自己理念不合想要探求世界真相，最后都离开了圣教骑士团并且被骸追杀。
巴贝尔五章上篇分为明暗两条线，明线是阿尔贝尔寻找哥哥，暗线是马格努斯的经历，连接这两条线的支点是威尔海姆。威尔海姆是马格努斯在圣教骑士团时唯一的朋友，阿尔贝尔找到他了解马格努斯的去向，他一方面因为和马格努斯的约定而不打算告诉阿尔贝尔，另一方面又和阿尔贝尔同行。阿尔贝尔曾经和色欲国的占卜师德内普打听过马格努斯的去向，在雷修斯活动里，雷修斯也找过德内普。
隐居在色欲国的精灵索菲亚也给阿尔贝尔提供过一些帮助。目前游戏里出现过的精灵总共有三支，一支是扎哈尔那一支，一支隐居在色欲国，有索菲亚和半精灵里昂两人，还有一支在宗主国傲慢国的森林中，有纳萨里奥和伊内斯两人。索菲亚还和色欲国的索雷伊有一段故事。
在五章上篇最后，马格努斯找到了远古时代遗留下来的魔人，随后为了不连累妹妹阿尔贝尔和好友威尔海姆而选择自我了断，临死前给阿尔贝尔留下了一件外套。
马格努斯在流浪期间曾经和梅雅相遇，时间点应该是影之梅萨亚解散以后。

圣石第三章和前两章应该是隔了两年，此时卡农15岁，在第三章里卡农和第二团的蒙泽因以及赛达合作护送圣石，此时蒙泽因已经是大胡子形象，赛达也变成了长发。在第三章中，卡农等人首次与瓦吉那欧以及骸接触。
第四第五章紧接着第三章，在察觉到瓦吉那欧的存在以后，扎因决定让神乐用绵津见王族祖传的迦具土术士封印绵津见的瓮星，避免它被瓦吉那欧利用。使用迦具土术士本身对于神乐具有相当的危险性，考虑到魔枪对神乐的重视程度以及魔枪本身的睿智程度，扎因唯独没有把这次行动告诉魔枪。而瓦吉那欧却找上了魔枪，告诉了他扎因的计划，由于瓦吉那欧的诱导再加上魔枪本身的清奇脑回路，他决定杀死扎因。
在绵津见，神乐用迦具土封印了瓮星以后，神乐受到迦具土反噬，为了保住她的性命，扎因把她封印进圣石复制品里，此时魔枪正好赶到，二话不说杀死了扎因，扎因的领主剑也因此折断。扎因临死前越过其他团长任命卡农为下一任领主。
黎明在旁边目睹了这一切，他认为魔枪应该能成为他的同伴，于是选择跟随魔枪。

圣石第六章时间线是第五章的若干年后，圣石的缪娜外传应该也是发生在第五第六章之间。扎因死后圣教骑士团人心浮动，卡农为了重聚人心决定找克瑶极修复领主剑。在这段时间里，卡农招募了一个新人巴西尼，而绯炎骑士团的克洛伊也招募了一个新人维克塔。巴西尼出身沙漠地区，在加入圣教骑士团之前是一个杀手，并且参与过刺杀第七团团长拉琪娜。
拉琪娜是第七团唯一的成员，和卡农同龄，负责看守宗主国的傲慢圣石，基本不怎么与外界接触，只有每一任领主知道她的存在。卡农接任领主以后也和拉琪娜有所接触，并且成为了她唯一的朋友。后来拉琪娜因为傲慢圣石力量暴走而被吸入傲慢圣石内部，也就是真理之门后面的世界。
维克塔加入绯炎骑士团之前曾经在近卫骑士团和弗里兹共事过一段时间。弗里兹的女朋友是色欲国的夏娃，夏娃有一个表妹摩亚，并且也认识德内普。同时他的师父是迪尔加，迪尔加被愤怒国的多萝西娅暗恋着，而多萝西娅又认识阿斯瓦朵。
卡农和克洛伊带着巴西尼和维克塔去寻找克瑶极，路上丝碧卡伏击了他们试图为扎哈尔复仇，不过卡农最后感化了丝碧卡，丝碧卡选择追随卡农。
最后卡农见到了克瑶极的女儿缪娜，得知克瑶极已经死了。
在缪娜外传里，克瑶极和缪娜为了寻找一种稀有的材料铸造武器而找到了沙漠地区的占卜师乌兹玛。乌兹玛计算出克瑶极死期将近。在铸造完武器以后，克瑶极果然病逝，不过临死前也解开了乌兹玛的心结。
缪娜修复了领主剑，卡农得以重聚人心，缪娜也暂时住在圣教骑士团。

第七章中，瓦吉那欧撮合了狮子王和十戒众合作，打算发动狮子王的进击，打破世界力量平衡，让尼姆尔的灵魂能够附身狮子王。
十戒众来自失落之蓝，失落之蓝位于怠惰国首都地下的巨大空洞之中，聚集了来自于全世界的亡命之徒。十戒众的首领索尔想要成为失落之蓝的太阳，于是给自己起了罗马神话太阳神的名字，他打算将世界改造成丛林社会，以此让失落之蓝的人能光明正大地站在太阳下。在圣石里出场的十戒众总共有七人，包括首领索尔，四戒菲亚，五戒芙尤莉，七戒兹布娅，八戒阿哈特，九戒诺因和十戒泽恩，在后续的十戒众活动中又补充了二戒紫薇和三戒朱迪卡两人，并且讲述了七戒和九戒加入十戒众之前的故事。
目前已出场的十戒众中，四戒是一个黑暗精灵，五戒是绵津见人，在绵津见灭亡之前和贪婪国女将军利法是朋友，八戒是色欲国孤儿，曾经被索尔救过，并且喜欢索尔，十戒也是绵津见人，在绵津见灭亡时失去妻女，曾经被扎哈尔救过而加入影之梅萨亚，影之梅萨亚解散以后又加入十戒众。
二戒是贪婪国在失落之蓝建立的研究所中作为实验品的兽人，后来九戒摧毁了研究所救出了二戒。两人后来遇到索尔，索尔邀请他们加入十戒众，二戒同意加入而九戒不同意。二戒因为在研究所遭受的实验而时日无多，临死前希望九戒用能力吞食自己，九戒吞食二戒以后终于同意加入十戒众。
失落之蓝上空有一座浮空岛，岛上有一个异层塔，每一个十戒众都需要爬塔，爬塔之后能获得强大的力量，但是会失去一部分记忆和感情，九戒失去了关于二戒的记忆和同伴之情。

七戒表面上是愤怒国盗贼团团长的女儿，曾经被亚拉乌斯救过，因此对亚拉乌斯怀有憧憬。实际上她是贪婪国制造的亚拉乌斯克隆体，被植入了虚假的记忆。
三戒原本是贪婪国皇家卫队的成员，因为对贪婪国的作风不满而打算离开。贪婪国的僵尸刘枫认为三戒知道的东西太多，打算留下他。刘枫原本是色欲国人，不过从小就被抛弃，后来被贪婪国收留，成为贪婪国的士兵。后来刘枫自愿参加了不死士兵的实验，并且成为唯一一个成功的实验体，他一半的灵魂被封进真理之门，因此得到不死的能力。和三戒的战斗使得刘枫遭到重创，失去了大部分记忆。三戒和七戒加入十戒众后，三戒成为了七戒的师父。在爬塔之后七戒对亚拉乌斯的感情被扭曲，变成了纯粹想要战胜亚拉乌斯的欲望。三戒对十戒众和狮子王的合作感到不满，于是选择离开并且和索尔打了一架。

在这段时间里，斩月的宿敌铃鹿来挑战卡农，被卡农击败后选择追随卡农。神乐也苏醒过来，并且一瞬间变成了大人的体型。
魔枪和黎明来到贪婪国，听到了狮子王和瓦吉那欧的对话，狮子王让刘枫留下魔枪，但是并没有成功。
魔枪和卡农相遇，两人展开决斗，最后魔枪表面上被卡农砍死，实际上也被封印到真理之门后面。

gkdgkd

第五章第二幕和战记第三章基本就是发生在这段时间了。神威在圣石时代苏醒以后，来到沙漠地区寻找塞菲隆之民幸存者。在沙漠地区神威遇到了霍克，霍克原本是沙漠贵族，身上有塞菲隆血统，在神树死后沙漠地区的炼金能量不断减少，沙漠人为了生存大多变得冷血，霍克希望能团结沙漠人建立一个统一的国家。在遇到塞菲隆之民幸存者卡尔拉以后，他放弃了贵族身份，和另一个他救过的佣兵巴尔特一起成立了沙漠自警团热砂之翼。霍克希望神威也能帮助自己，但是神威拒绝了。神威离开以后，十戒众的七戒和九戒来到沙漠地区寻找塞菲隆之民幸存者，为了保护卡尔拉，霍克独自引开两人并且因此被杀。
霍克死后，卡尔拉成为了热砂之翼的团长，继承了霍克的遗志。此时沙漠地区还有贵族和商人两大势力，代表人物分别是内菲尔提和濑路。根据念装暗示，内菲尔提身上也有塞菲隆血统，并且在暗中保护塞菲隆之民幸存者乌兹玛，不过其他贵族大多希望交出塞菲隆之民幸存者，所以在明面上乌兹玛也不好表态。
暴食国的加勒特和索菲，十戒众的七戒和九戒，以及骸三股势力同时进入沙漠追杀塞菲隆之民幸存者。在不知道对方身份的情况下，巴尔特和索菲相遇并成为了朋友。在几方决战的时候，濑路和副手安克，内菲尔提和弟弟拉美西斯，佣兵露西亚和雷修斯都来支援卡尔拉，索菲也因为不愿意和巴尔特战斗而自杀

神威遇到了变成老人的夏姆，他已经成为塞菲隆之民幸存者的族长，并且建立了一个隐秘的村子。之后神威和卡尔拉相遇，在他的牵线下，卡尔拉濑路和夏姆组成了果实采集者。
神威再次遇到了瓦吉那欧，瓦吉那欧已经舍弃了曾经教授给神威的慈爱炼金术，转而使用威力炼金术并攻击神威。
在狮子王的进击前夕，神威了解到了暴食国已经和贪婪国结盟，并且贪婪国并不打算对沙漠地区进攻。

巴尔特还在艾尔莉克的活动剧情里作为主要角色出场，濑路也有在里面打酱油，然后巴尔特的个人剧情也是和濑路的。濑路的个人剧情则是和拉美西斯，拉美西斯是和雪赫拉莎德。
雷修斯的活动剧情剧情就是他寻找露西亚的故事，德内普在里面也有出场。露西亚还在尤特的活动剧情里出场过，当时他身边没跟着雷修斯，应该时间线比较早。阿尔巴也有在尤特活动里出现，他还和琪露露以及奥尔加有故事。