先前织田信长已经亲自率军测试了曹丕的能耐，在信长心中，曹丕可以成为大器，而蜀军那边明显也在扩张自己的势力，那么吴国又如何？于是织田信长马上就让明智光秀率军，带上刚在九州之战招募的小乔，前往常山测试小霸王的能耐，明智光秀首先抢了孙策军的军粮，可谓旗开得胜，但在周瑜一步步的策略下，再加上明智光秀也只是测试他们的实力，并没有真正用出实力对抗，军粮被孙策军夺回，而明智光秀也在此战感受到了孙策的心意。

根据明智光秀测试的报告，织田信长了解到小霸王也具有一定的实力，但同时也感受到孙策心中存在着迷惘，他因为顾虑父亲以及其他亲人而必须服从远吕智，但他心中又不愿意服从，那么要想让孙策动起来，就要让他去把父亲救出来，那样孙策就会成为叛乱军的一员，对远吕智军是个重大打击，而岛左近刚好握有孙坚所在地的情报，况且岛左近对信长不服，那么信长只好让他与小霸王接触，让他亲自测试下孙策的能耐，并助他一臂之力。
信长率军护送岛左近，却遇到了董卓，关羽，张飞为首的远吕智军，信长与岛左近联手解决了这些障碍，成功将岛左近安全送出潼关，前往小霸王的所在之处

孙策军在常山之战击退了明智光秀的军队，直接前往长坂【实际上剧情有提到，孙策为了准备下一场战斗而在常山扎营，想必就是为了准备这场长坂之战。】
面对的是陆逊，甘宁，凌统等老朋友【说真的，你们三个无论历史还是演义……真的见过孙策吗？】率领的军队，孙策斗志高昂，享受着这场战争，而陆逊的火计也被周瑜识破，吴军内战，看来是孙策周瑜更胜一筹。在战争进行到一半时，离开潼关的岛左近就来到长坂了，他为了测试孙策的能耐，借助这个战场，略微施展了些小计策，但都被孙策破解，岛左近在这场战争中看到了小霸王的实力，对其表示认可。

此时，从成都出发追赶妲己的赵云与杂贺孙市已经抵达了南中，他们看到南蛮王孟获正在与远吕智军交战，赵云奋勇杀敌，将孟获与他的兄弟一个个救出，一开始对赵云不满的孟获后来对赵云变的心服口服，并表示了共斗宣言。南蛮军正式加入赵云，在战斗结束后，从南中的百姓那里打听到有重要人物被关在新帝城，赵云与真田幸村立刻动身前往。

而赵云与真田幸村前往吴郡的过程中，又发生了魏传的南中进攻战，这一战蜀军刚好有赵云+真田幸村，以及刚刚在南中加入的孟获、祝融等南蛮军。
这一战张郃处于沉默状态，先前拯救姜维的关卡也是在南中，而敌人总大将刚好有张郃，可以认为，张郃一直在南中与蜀国的军队周旋，双方互相都有胜负，但由于长时间的作战，张郃在长期战斗中士气严重低落。所以他在迷惘究竟要不要继续作战，但最终被曹丕成功说服，张郃正式回归曹魏，这一战以曹丕军胜利收场，但蜀军也并没有全军覆没，南蛮军暂时留下殿后，让赵云与真田幸村的军队能够尽速前往吴郡。

于华容道夺回宝物的星彩在回程途中遇到了在长坂战败的甘宁与凌统，同为叛乱军的他们决定暂时合作，星彩，雷铜，甘宁与凌统等人与岛津义弘汇合，先在蜀军的城池小谷城中休息，而在华容道时的魏延+吴兰这时不在，想必是先回到成都安置魏延的宝物。总之，星彩+雷铜与魏延+吴兰在夺回宝物后暂时分开行动了。
而妲己发现了小谷城有叛乱军，命令孙策前往镇压，孙策在前往小谷城的途中收到岛左近的来信，岛左近表示会来帮忙。
星彩，岛津义弘察觉到了远吕智军正在逼近，立刻开始布阵准备迎击，而岛津义弘则给萨摩那边发出信号，让他们派兵来增援。凌统听从星彩的指挥，但甘宁却表示要一个人单干。
孙策等人在一开始的战斗中稍微有些吃力，但在岛左近赶到后，由于岛左近的计策，形势开始逐渐逆转，一步步攻进了小谷城，打败了星彩为首的叛乱军，星彩与岛津义弘等人撤退，而凌统与甘宁则与他们分道扬镳，下落不明。这一战结束后，吕蒙被释放，同时孙策从岛左近那里得知父亲的消息，正准备筹划叛乱……

甘宁与凌统在长坂战败后与星彩短暂合作，但陆逊在长坂战败后，逃亡的过程中却遭到远吕智军的包围，远吕智军有张辽+徐晃，这两兄弟在南中之战也有出场，想必是在南中之战后遇到了孤身一人的陆逊并将其包围，而织田信长立刻派兵救援【岛左近前往长坂是因为信长的护送，想必信长也知道长坂那里的战况，已经预测到陆逊战败会被包围】，曹仁察觉到了织田军的到来，派遣军队进行猛攻，但由于明智光秀与丰臣秀吉的奋战，猛攻的军队一个个败退，而陆逊也被成功救出，织田军与陆逊合作，成功击退了曹仁。而陆逊也暂时加入织田

从南中撤退的赵云与真田幸村等人，找到了一名船夫，搭船前往吴郡，这一战让玩家保护船长，也是为了确保回去的路，这一战杂贺孙市也在，虽然战场上没他，但选关卡时的对话是有他的。
赵云等人来到吴郡就遭到董卓军的包围，这是因为诸葛亮早已料到赵云等人会前来吴郡，早已做好准备，而且每个城寨中都有极其明显的伏兵陷阱，赵云，幸村等人识破陷阱并打倒了董卓，救出了大人物——在成都之战逃跑的袁绍，众人看到袁绍后满脸失望，袁绍满脸得意，立花还吐槽了袁绍……


在救出袁绍后，诸葛亮与孙权纷纷出现，但诸葛亮故意放水败给他们，孙权也被赵云军击退。赵云等人继续前往下一个地点寻找刘备。
PS：这一战有张翼、岛津家久的援军赶到，而小谷城之战则有他们二人，想必在小谷城之战战败的蜀军得知了赵云军的所在位置，所以就赶来支援了。

而这时，孙策的心中已经想好了要背叛远吕智救回父亲，孙策与岛左近等人准备动身前往孙坚的所在地，而他还派太史慈与吕蒙前往建业城救浓姬，太史慈与吕蒙纷纷吐槽了浓姬的个性奇特，在苦战中也终于救出了浓姬。

虽然太史慈和吕蒙的作战非常成功，但孙策想要背叛远吕智的事情不幸被远吕智军得知，于是孙策与周瑜遭到了司马懿的包围，正面临战死的危机时，刚打完吴郡战役的赵云等人也赶到了虎牢关，这一战吴兰雷铜都在，在经过小谷城之战，赤壁逃亡战，吴郡之战后，蜀军也已经全都汇合了。他们见到孙策被包围，立即上前营救。王平则担任诱饵，以陆逊的名义成功诱出了夏侯霸。雷铜与王平则与赵云一起救孙策。
救出孙策后，周瑜派朱然放火，成功重创了司马懿军，孙策被成功救援，他有想过和赵云一起行动，但他还要去大坂城救人，于是双方约定，会在江户城见面，孙策会作为援军于江户城帮忙。

虎牢关结束后，孙策带领少数人前往大坂城救援孙坚，但在虎牢关之战就能看出来，孙策早就已经暴露了，所以大坂城看似空无一人，实际上早就已经埋伏好，孙策救出孙坚后立刻就遭到包围，在奋战中也将蒋钦与可儿才藏救出，孙策等人接连击败了庞德、曹仁，正抵达脱逃地点时，却被远吕智军增援再次包围，孙坚为保护孙策而再度被抓了回去。庞德在这一战中看到了孙策等人的奋战，再看看现在的自己，开始陷入了迷惘。

孙策等人离开大坂城后开始逃亡，但再次遭遇远吕智军，这次是由曹丕以及其弟弟孙权率军。这一战自然是在大坂城之后，原因是因为这一战有可儿才藏，而大坂城之战中刚好将可儿才藏救出，一起逃到了夏口【不过我想吐槽的是，可儿才藏与蒋钦都能被救出来，就孙坚愣是救不出来】
孙策军兵力很少，程普为孙策殿后，给其创造逃跑的时机，但孙策最终还是被曹丕与孙权的联军击败，曹丕将孙策给放跑，却被妲己看到，然而因为三成的配合，成功骗过了妲己。这一战也是曹丕与三成成为至交的开始

在孙策叛乱后，和孙策一起行动的德川家康也离开远吕智，带领部分家臣造反。家康收到宛城百姓的求救后立刻带领服部半藏一同前往救援，但没想到已经燃烧起大火，二人只能在烈火中护送百姓安全逃离。这一战也有庞德，庞德在看到大坂城孙策等人拼了命也要救出孙坚，又在这关看到家康等人无论如何也要救出百姓，不时在思考自己，现在这样究竟正确吗？
这一关是最反人类的一关，全程着火，德川家康很容易就会死，玩家经常因为德川家康败退而输掉这一场战役，若说是整个蛇Z最难的一关也不为过，难在队友太菜，而不是玩家hh

冀州拥有以宁宁为首的忍者军团，是抵抗远吕智军的一大势力，让远吕智军十分头痛，于是董卓率军前往冀州镇压忍者军团，而石川五右卫门偷魏延宝物的事被宁宁发现，早已被宁宁抓起来【追石川五右卫门的那关刚好叫赤壁逃亡战】，此战董卓与魏军部分将领合作，先将石川五右卫门救出，由于他的协助，破解了宁宁的忍术，才能由劣势转为优势。
另外，这一关有服部半藏，女忍和风魔小太郎作为叛乱军登场，服部半藏已经随德川家康一起背叛了远吕智，听闻冀州的事情，赶来支援，而女忍也在宛城之战加入了吴军，与服部半藏一同前来，但风魔小太郎么……虽然他在常山之战有过【与玩家携手战斗】的宣言，但这人是个BUG，首先他早就在远吕智第1章，远吕智VS北条的战役时就跟了远吕智，那时候服部半藏还没有加入，江户城之战还没有发生。但他却在吴国常山之战说【半藏，你是远吕智的狗吗？】 到底是谁先加入远吕智的啊喂！？ 我严重怀疑编剧写远吕智章的时候忘记本传时期风魔小太郎干了啥了。所以风魔小太郎是个无法解释的因素，这人基本可以排除剧情考虑范围内

在宛城之战结束后，庞德又被派往镇压北条军，此时蜀国的情况是：赵云带领部分大众脸前往江户城，而月英，真田幸村与魏延则来到贱岳拯救北条，这一关如果不理北条的话，北条军会一个个背叛，加入到远吕智军的一方，而庞德会在北条军集体背叛时下令全军进攻蜀军本阵。另外，这关有意思的是，魏延一夫当关，抵挡千军万马，让真田幸村等人去救人，实际上一夫当关应该由真田幸村来更合适这也可以算是魏延最亮眼的一战。庞德在大坂城与宛城看到了孙策，家康等人的奋战后，一直处于迷惘之中，此次看到了北条军的奋战，已经完全按捺不住了……
在拯救北条军后，庞德与蜀军展开决战，在被蜀军打败后，庞德领悟了一些道理，从此背叛远吕智，远吕智军再无庞德身影，而北条军么，被蜀军救了之后，与蜀军分道扬镳，但分道扬镳后又与远吕智军发生过什么py交易，就不得而知了