开通首日至10月10日，衢宁铁路计划安排过渡期列车开行方案，涉及到上海局管内共开行4对旅客列车，具体为庆元至上海南动力集中式动车组列车1对，庆元至衢州动力集中式动车组列车1对，庆元至杭州旅客列车1对，福州至九江旅客列车1对。
在10月11日今年四季度列车运行图实施后，衢宁铁路全线计划安排开行旅客列车7对，其中开行庆元至上海南、庆元至杭州动力集中式动车组列车2对，开行福州至松溪、福州至政和（松溪）旅客列车2对；福州至北京、福州至重庆、徐州至福州3对旅客列车，通过变更运行区段、延长径路的方式，经由衢宁铁路运行。衢州至宁德最快运行时间为5小时17分钟，庆元至衢州、福州、杭州、上海最快运行时间分别为2小时7分钟、3小时33分钟、4小时44分钟、6小时29分钟，沿线人民群众出行将更方便快捷。