一般甲壳亚门动物与气管类动物（昆虫和蜈蚣）被看作是姊妹群。一些学者认为昆虫和蜈蚣是甲壳亚门内的动物。这个意见的由来在于对这些动物的胚胎发展的讨论。通过分子遗传学的研究和对精子结构的研究今天普遍认同过去属于独立的门的五口纲动物也属于甲壳亚门。
甲壳亚门内部的分类和亲属关系还不很清楚而且争论很大。最近数年中新的发现和研究使这个领域动荡非常大。比如过去的枝角目现在被分为多个目，等等。
目前大多数专家将甲壳亚门分为五个纲，但对鳃足纲和甲壳纲的争议还很大。许多学者认为甲壳纲实际上是收集了所有无法分到其他四个纲中的动物，实际上不是一个真正的纲。
关于其他分类方式也请参见英语维基中相应文章的叙述。
甲壳亚门内部的分类和亲属关系还不很清楚而且争论很大。最近数年中新的发现和研究使这个领域动荡非常大。比如过去的枝角目现在被分为多个目，等等。
目前大多数专家将甲壳亚门分为五个纲，但对鳃足纲和甲壳纲的争议还很大。许多学者认为甲壳纲实际上是收集了所有无法分到其他四个纲中的动物，实际上不是一个真正的纲。
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