由反应段出来的加氢生成油首先被送到热交换器，用新鲜原料冷却，然后进入空冷器。在高低压分离器中脱除溶解在液体产物中的气体。将从分离器内分离出的循环气通过吸收塔，以脱除其中的大部分硫化氢。在某些情况下，可以将循环气进行吸附精制，完全除去低沸点烃。有时还要对液体产物进行碱洗和水洗；加氢生成油经过蒸馏，可制得柴油（200-350℃馏分）、催化裂化原料油（350~500℃馏分）和大于500℃的残油。
根据原料油的质量以及对最终产品的要求，加氢脱硫工艺的流程型式可以是一段式、二段式或多段式。可以不循环操作，也可以令部分加氢油与原料混合，实行部分循环操作以提高总精制深度。
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