《高达SEED》动画监督今日宣布将会制作第三季，内容为拥有高科技武器的外星人进攻太阳系各大行星。面对强敌，地球军和扎夫特只好联合起来一同对抗外星人。基拉、阿斯兰、真飞鸟各自驾驶新型高达出战，屡战屡胜。
外星人见他仨实力很强，便想拉拢过来。为达到这一目的，外星人克隆复制出了芙蕾、米娅、史黛拉，让她仨分别去拉拢基拉、阿斯兰、真飞鸟，使其归顺外星人。
面对米娅，阿斯兰没有动心，仍爱着卡嘉莉，便一枪崩了米娅。真飞鸟面对史黛拉则动了心，但史黛拉却被露娜一枪崩了。基拉表示小孩子才做选择题，芙蕾和拉克丝两个我都要。结果，芙蕾被基拉给睡服了。但由于克隆体寿命很短，芙蕾还是走了。
最后，基拉、阿斯兰、真飞鸟驾驶高达摧毁了外星人的母舰，残余的外星人逃出太阳系，地球人获得了胜利。大结局是基拉和拉克丝、阿斯兰和卡嘉莉、真飞鸟和已经怀孕的露娜举行集体婚礼。尾声是露娜生下了一个女婴，取名未那。