个人认为做合理的解释是：新旧世界都存在，真希波救了真嗣两次。
首先最后车站的镜头，真嗣脖子上还戴着项圈，这个时候真希波过来解开了真嗣脖子上的项圈，再加上台词就像是在对暗号，说明他们在这个世界是第一次见。顺带一提这个时候真嗣看到车站对面的绫波诸薰明日香都是幻象，这是真嗣希望看到的情景，这个镜头喻示着马上要去寻找他们，或是在之后会相见，其他帖子里已经有不少分析了。
然后注意一个问题，真嗣和真希波都穿着工作服拎着公文包，说明他们都是社畜，也就是说在这个没有eva的世界他们已经在这里生活了一段时间。
那么之前又有一个镜头是真嗣受到了“降维打击”，色彩和线条逐渐消失，然后真希波出现按照约定来救真嗣，为什么后面突然转到车站，真希波和真嗣又像是第一次见一样呢？难道说这个时候真希波把真嗣救出去之后，两个人分开了，迟迟没办法给真嗣“解套”吗？
另外在之前也有一些旧世界恢复的画面，如果说旧世界不存在了，那么这些画面就是多余的了。
所以感觉合理的解释应该是，真嗣在补完结束后去往了新世界，原本旧世界的真嗣因此需要消失，这个时候真希波过来救出了真嗣，旧世界实现了恢复，所有人都平安无事，旧世界的真嗣也存在且被真希波救出。
另外在新世界所有人也同样存在，但是身处各地，各自长大（而不是恢复身体，否则真希波应该是真嗣妈妈辈了），最后车站的镜头应该就是真嗣终于联系上了真希波，然后两人即将去寻找其他人，真嗣也因此充满干劲。

当然，这里不讨论痞子究竟是怎么想的，有人可能会认为这里单纯就是喻示痞子终于解开了eva的枷锁，和老婆一起奔向现实，当然也是没问题的，但是这毕竟只有痞子自己知道。我们这里只是尽可能找到一个可以解释所有场景，使得逻辑自恰、没有矛盾的解释方式。

最后的车站就是没有eva新世界了，痞子对观众表达的就是真嗣已经成长，迈步迎接新世界

现在大家认为的结局大概分三种，
第一种，是世界分新世界旧世界，真嗣把明日香送回了旧世界，自己和真希波去了新世界，这个世界还是有明日香，丽和熏。不过都是互不认识的普通人，但我觉得这个应该不可能，这和逃避有什么区别，真嗣怎么会丢下遭受那么多绝望的明日香，丽，熏还有第三村的大家，自己和玛丽去新世界享福呢？这和故事主旨的不要逃避不符，前面真嗣的成长也都白瞎了
第二种，是只有新世界，真嗣在原有世界的基础上，消除了Eva的存在，把时间往后拉了14年，大家在这个世界都是普通人，最后玛丽接真嗣迎向新世界，大家未来也许还会再次相遇也许不会，随君想象，这也是一种合理的解释
第三种，最后依旧在负宇宙，最后的车站实际上是真嗣的补完，在真嗣和丽对话的地方明确指出的是真嗣并不会选择将时间重写，他想要做的只是将世界改写为没有EVA也可以的样子（让整个世界脱离使徒循环）。
那么为什么他会长大了呢？个人感觉这个外貌应该是心智的体现和真正岁数的体现。首先看看司令的补完过程中，司令的外貌是一直切换的。在自闭的那部分，司令是以小孩的形象出现的，而补完后和真嗣相拥是成人的形象。这可以代表司令在此时才真正的成长了。相同的还有成长后的明日香。所以感觉这个时候真嗣还在反宇宙里，一个能投射人内心的世界中，最后补完的就是真嗣，玛丽小姐按照约定来接真嗣，dss的解除也代表真嗣的的补完，最后两人回到那个丽，熏，明日香大家都在，百废待新，但不会再有Eva，有使徒的世界，也就如丽所说的新世纪，这个也是我比较倾向的结局，前面两个结局的一些说不通的地方比如，香为什么被发射到第三村，结尾逃生仓降落，脚印的镜头也说的通
题外话，为什么真嗣的补完场景是车站？这也是个很有意思的设定。列车在全剧其实一直都象征的旅途，而对于真嗣来说象征着逃避（每次跑路都坐列车）。车站代表着选择，既可以搭上列车逃走，也可以选择离开。这一次，真嗣在车站等待真希波的到来，没有选择搭上列车继续在虚幻的世界中徘徊，而是最后拉着真希波的手一同走出了车站，回到现实世界去与明日香，丽，熏，美里等人重逢。至于最后的三次元世界，也和碇真嗣所要的“新世界”一样，痞子希望阿宅们也能走出房门，拥抱现实生活。。这也意味着真嗣真正的长大了，不在逃避现实了。至于车站前三人，我认为是真嗣想象中没有Eva的大家可能的生活

我觉得结局就是现实世界啊，明显已经把旧版和拍摄都客体化了，把坑都填了，那只能是现实世界了。既然已经是现实世界，那么新旧世界怎么样实际也都不那么重要了，感觉痞子就想说都只是动画和想象而已。
要真的分析，旧动画一定是存在的，它已经无法被改变，是一切的根源。新剧场是现在想要的表达，也是用来表现现实的对照，是无数次可能，想要去调整，最终被变成过去的存在

我更愿意相信新旧世界平行存在！因为只有这样，才能体现真嗣对大家的爱，旧的没有eva的世界，那些被补全的人幸福的生活着，崭新的新世界，真嗣真希波携手迈向新社会，大家都快乐

仔细想了一下，还是不能有过多YY的地方，应该更关注痞子在其中使用的一些手法：

明日香补完这里，真希波出现说了一句话，立马镜头一转，明日香离开意识世界在插入栓惊醒同时恢复身体，此时明日香的衣服也由一开始穿的战斗服（这里指的是终里新的战斗服不是沙滩上穿的这个意向中的eoe战斗服）变为了常服。随后明日香随着插入穿射出，离开了负宇宙，并在第三村获救。


真嗣这里应该也是用了同样的手法，真希波来救真嗣，说了一句话之后，镜头一转，真嗣在车站惊醒，身体变成了长大的样子，身穿工作服，并且项圈还在
所以这里应该理解成和明日香一样的连续的镜头，而不是特意省略了中间的过程，并且这一手法的含义在于将人从意识世界中拉了出去、恢复了身体，但是注意这并没有将人拉出负宇宙（唯当时也只是把真嗣推出了初号机而已，真嗣仍然还留在负宇宙）。明日香是通过插入栓射出去的，那么真嗣他们又是怎么出去的负宇宙呢？这就是个问题了。
个人认为这里应该理解成，的确真嗣和真希波已经没办法直接出负宇宙了，他们只是单纯在旧世界离开意识世界、恢复身体的话仍然还是在负宇宙中，在已经没有eva的情况下是出不去的。但是他们可以在其他世界恢复身体（只要那个地方不在负宇宙中），所以结尾应该是他们穿越去了别的世界（也就是一个没有eva的新世界），而他们当时的状态，在终里已经反复印证过多次了，灵魂会汇聚成一个人并且变成他们希望成为的样子（不管是明日香还是绫波都继承了其他克隆体的记忆和形象），社畜状态的真嗣、真希波本来就在这个世界存在，而在这个世界其他同伴也都还存在，但是应该只有真嗣和真希波继承了其他世界的记忆，其他人都没有旧世界的记忆了。
综上得出了一个很多人一开始就会有的理解：新旧世界都存在，但是真嗣和真希波穿越去了新世界（旧世界他俩就不存在了）。这是从现有的一些手法和画面推出的结论，我认为应该也是庵野秀明本来就想表达的意思。

有人会认为只存在新世界了，但是如果是这样为什么给了明日香随插入栓射出在第三村获救的画面

而不是明日香直接在新世界苏醒，或者也不是明日香随插入栓射出为止，特意还给了第三村获救的镜头，因为只要知道大家都会在新世界复活，也就不需要这些画面了（其他世界恢复的画面同理），这显然是为了告诉观众，他们在旧世界都有了归宿。并且新世界是更接近我们三次元现代的世界，和旧世界完全不同，不能理解为旧世界经历了一番改造变成了新世界的样子。

你不是说新旧都有真嗣吗 怎么又改口了，如果只有新世界有真嗣那也太奇怪了，创造一个没有eva的世界只是为了自己？

另外补充一点想法，在真嗣的角度他是不知道有所谓新世界的，去往新世界一定不是真嗣一开始已经预见的，他是做好牺牲的准备主导的补完，也因此给大家安排了归宿，在唯将真嗣推出初号机后，真嗣也没有去往新世界，而是在沙滩等着真希波来救他，也就是说去往新世界是真希波主导的，包括明日香在插入栓中恢复身体，也是真希波做到的，真嗣虽然主导补完但是没有穿越的能力，具有这样能力的是真希波。
所以说真嗣创造新世界的说法并不准确，这些安排是出于真希波的判断。