1993年，基础数学获得硕士学位授予权
1999年云南教育学院并入云南师范大学，两校数学系合并
数学系进入一个新的发展阶段，充分发挥服务云南基础教育、为云南经济建设服务的作用，启动了综合改革。重点开展了建设一类课程、调整课程体系、重点学科、重点专业、硕士点建设、师德教育、实践实习，培养培训中等教育师资、职教师资，培养学科带头人、骨干教师等工作。办学体制、办学规模、专业建设与改造、课程建设、师资队伍、实习基地、实验室、教材、师范生素质教育、教育科学研究等各方面工作得到了较好发展。初步形成系列化配套综合管理机制，涌现了一批校级、省级和国家级优秀教学和科研成果。1986年林毓才由助教直接破格晋升教授。1988年刘声烈教授荣获省特级劳动模范，同年数学系创办《中学数学教与学》杂志，主编吕冠国教授。1989年，《高师几何系列课程的建设》项目（朱德祥、朱维宗、熊民福）、《计算机科学理论学科人才培养》项目（刘声烈、林毓材、卢学妙）获得国家教委普通高等学校优秀教学成果“国家级优秀奖”。
1994年，肖体俊教授被评为“全国先进女职工”“云南十大杰出青年”。1997年6月由数学系计算机教研室和物理系相关科室共同组建的计算机科学系成立，数学系林毓才教授担任首任系主任。