LAMMPS 的基础入门 —— 初识 LAMMPS 是什么？能干什么？怎么用？
1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用
1.2 in文件结构格式
1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令
1.4 data文件格式
1.5 LAMMPS常见错误解决途径
实例操作：
运行并理解跟自己科研方向相近的例子。
2 2 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型，举一反三提高学习效率
实例操作：
2.1 把剪切模型转换成拉伸模型
2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型
2.3 石墨烯( 不同力场)、金属、合金、高熵合金等 拉伸剪切力学性质模拟
3 3 LAMMPS 进阶实例操作 ，理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型，举一反三提高学习效率
实例操作：
3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型
3.2 建立三维管道内的poiseuille流动
3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型
3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动
4 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型 ， 举一反三提高学习效率
实例操作：
4.1 理解导热系数意义
4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法
4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算
离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟
6.1 建立模拟体系的初始模型
6.2 PKA动能、位移随时间变化
6.3 点缺陷结构可视化
6.4 点缺陷的数量随时间变化
6.5 点缺陷的空间分布及演化过程
VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟的轨迹文件处理等
7 LAMMPS 分子力场文件创建及 MOFs 材料建模
7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征
7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型
7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件）
7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法
7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料
7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件
7.7 运行能量最小化及体系的预松弛
7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平
衡-输出研究所关心的性质。
实例操作：金属有机框架（ MOFs ）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，
8 8 研究 H2/CO2 在 ZIF-7 膜材料中分离性能 —— 模拟文献e Science 6 346 (6215),
1356-1359 的分离过程
8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包
8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，再现文
献“Science 346 (6215), 1356-1359”
的实验过程。
8.3 自定义分子力场文件（frc文件），通
过lammps程序生成data文件
8.4 运行能量最小化及体系的预松弛
8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹
平衡-输出研究所关心的性质。
8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，选择
性等
实例操作 ： VMD 中查看可视化的动态轨迹 ， 计算密度分布 ， 分子的 MSD 等 ， 抽取
轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。
————————————————
版权声明：本文为CSDN博主「SobeitI」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
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1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用
1.2 in文件结构格式
1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令
1.4 data文件格式
1.5 LAMMPS常见错误解决途径
实例操作：
运行并理解跟自己科研方向相近的例子。
2 2 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型，举一反三提高学习效率
实例操作：
2.1 把剪切模型转换成拉伸模型
2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型
2.3 石墨烯( 不同力场)、金属、合金、高熵合金等 拉伸剪切力学性质模拟
3 3 LAMMPS 进阶实例操作 ，理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型，举一反三提高学习效率
实例操作：
3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型
3.2 建立三维管道内的poiseuille流动
3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型
3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动
4 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模
型 ， 举一反三提高学习效率
实例操作：
4.1 理解导热系数意义
4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法
4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算
离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟
6.1 建立模拟体系的初始模型
6.2 PKA动能、位移随时间变化
6.3 点缺陷结构可视化
6.4 点缺陷的数量随时间变化
6.5 点缺陷的空间分布及演化过程
VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟的轨迹文件处理等
7 LAMMPS 分子力场文件创建及 MOFs 材料建模
7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征
7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型
7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件）
7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法
7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料
7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件
7.7 运行能量最小化及体系的预松弛
7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平
衡-输出研究所关心的性质。
实例操作：金属有机框架（ MOFs ）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，
8 8 研究 H2/CO2 在 ZIF-7 膜材料中分离性能 —— 模拟文献e Science 6 346 (6215),
1356-1359 的分离过程
8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包
8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，再现文
献“Science 346 (6215), 1356-1359”
的实验过程。
8.3 自定义分子力场文件（frc文件），通
过lammps程序生成data文件
8.4 运行能量最小化及体系的预松弛
8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹
平衡-输出研究所关心的性质。
8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，选择
性等
实例操作 ： VMD 中查看可视化的动态轨迹 ， 计算密度分布 ， 分子的 MSD 等 ， 抽取
轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。
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