余干站设于余干县城北部，北临德昌高速，右毗鄱阳湖大道，从车站到县城约7km，车站所在地属平原区，地形平坦开阔，多为水田。受鄱阳湖地区百年水位影响，余干站为高架站。
余干站站房设于线位左侧，车站设基本站和中间站台各1座，规模均为450m×9m×1.25m，设到发线2条，按两台夹四线布置，车站两端各设渡线1组。