1. 配电线路部分：
　 一个完善的变电站配电线路防护方案应从总交流配电、直流配电、重要设备配电等全面考虑。
对交流电源实行三级避雷保护，第一级安装在站用变400V进线柜母线侧,即在变电器的低压侧加装间隙型浪涌保护器，泄放大部分入侵变电站的雷电流。第二级站内总交流配电屏（13P和15P）内的380V线路分别安装一台三相电源避雷器，防止雷击过电压从交流配电线进入中控室二次设备。
第三级分直流和交流避雷。直流第三级避雷安装在站内装置柜内，如各类保护柜、测控柜、故障录波装置、安稳及其它自动装置、通信直流电源柜等；交流第三级避雷安装在站内装置柜内交流电源上，如UPS电源上。
2. 信号线路
①载波线避雷：在载波到通信柜柜前安装双绞线信号浪涌保护器，防止载波线路在高压场地感应雷电进入机房，对设备构成危害。
②通信线避雷：在通信线进入设备前串接信号浪涌保护器，抑制沿线路传导的过电压对设备造成的危害，可满足ADSL,ISDN,DDN帧中继，模拟电话线等多种通信线路的避雷保护。
③天馈线避雷：对拥有带BNC或N接头的连接收发器GPS时钟系统，在同轴进入同步装置前串接高频馈线避雷器，防止天馈线从户外引入雷击过电压进入设备，对设备构成危害。
④设备间通信线路避雷：变电站二次设备间通信主要采用RS485、RS232 RS422,CAN等方式。主要是通过感应雷击产生的过电压，击毁通信端口或引起设备集成电路芯片损坏。在通信口的两端口分别安装相应的信号避雷器。
⑤TV二次回路避雷：变电站TV二次电压进入保护装置一般都采取了一定的避雷措施，如电抗器隔离、光耦隔离等。
3.接地、屏蔽系统
规范变电站设备的接地、屏蔽工作，是提高二次设备避雷水平的最直接、最有效的措施：
①变电站综合自动化系统及其它二次设备应采用共地系统，接入变电站主接地网。
②主控室接地网将各盘柜内地线通过接地铜排首尾相连形成环网，接地铜排截面积不小于100M㎡.
③需要接到各接地网的二次设备主要有：自动化设备机箱、保护、测控装置机箱，自动化系统、保护、测控装置的隔离变压器（如采样系统用的测量TA和TV，直流逆变电源隔离变等）屏蔽层，二次电缆屏蔽层、铠装层（采用两端接地方式），后台监控计算机机箱、UPS电源机箱。二次设备盘柜（如保护屏、测控屏）、端子箱应直接接地。线路TA和CVT二次回路采用就近接地，母线TA,CVT二次回路采用主控室接地，与母线TA和CVT二次回路有电联系的所有TA和CVT二次回路应共同一点在主控室接地。