1798年8月23日,拿破仑建立了埃及研究院,由著名科学家、法国科学院院士蒙日任院长,拿破仑自己任副院长。研究院分数学、物理、政治经济、文学艺术四个部,并附有设备先进的实验室和藏书众多的图书馆,还定期出版一份学术刊物。研究院和随军学者的主要任务是,加强和巩固法国在埃及的殖民统治。
他们研究了防治瘟疫的方法,开设了几家军用医院;参与修改埃及的赋税、法律和教育制度的讨论,办起了一所印刷厂。利用当地资源,修复了一座兵工厂,新建了火药厂、机械厂、木工厂、呢绒厂、帽子、鞣革厂。他们对埃及进行了全面考察,用十七年时间编写了一部巨著《埃及志》。这部著作多达三十七卷。