拼多多商家的保证金金额是根据不同行业和店铺类型而定的，一般在5000元以上。具体保证金金额可以在拼多多商家后台进行查询和设置。商家需要缴纳保证金作为信用担保，以确保在经营过程中不会违反平台规定和法律法规。