员工超时加班的补偿应该依据公司的规定和国家法律法规进行，一般情况下，员工超时加班可以通过加班费或者调休来进行补偿。加班费的计算一般为正常工作时间工资的1.5-3倍，但具体标准也因地区和行业而异。调休的方式则是将员工超时工作的时间转化为休息时间，员工可以在后续的休假中进行补偿。在进行超时加班前，应该征得员工同意，并遵守相关法律法规。