处理土壤中的有害菌可以采用生物防治、化学防治等方法。其中生物防治包括利用有益微生物和植物提高土壤的生态环境；化学防治则可以使用杀菌剂等化学药品对土壤进行消毒处理。但需要注意的是，在使用化学药品时应避免对环境、人体造成过多污染。