酵母菌被染上颜色后，其结构和物质分布会被显微镜观察到。通常使用荧光染料或普通染料，如格拉姆染色、墨汁染色、假单胞菌染色等。染色后，酵母菌的细胞壁、胞浆、细胞核、线粒体、内质网等结构和物质可以被清晰地观察到，以便进行细胞学研究和分析。