两所学校都是烟台市的一流高中，牟平一中和烟台三中各有其独特的优势。牟平一中以其优质的教学和设施而闻名，烟台三中则以其专业化课程和多样性课外活动而享誉国内外。因此，选择哪所学校要看学生的个人情况。