在毕业论文中，表格字体应该是水平居中对齐。这是因为水平居中对齐可以使表格更加整齐、美观，同时也更易于阅读和理解。而中部两端对齐则会使表格显得过于紧凑，不易于阅读。此外，水平居中对齐也符合学术规范和排版要求。因此，在撰写毕业论文时，应该注意表格字体的水平居中对齐。