2020年，根据《卓越大学排名》综合考核，昆明医科大学在中国大学排名中位列第282位，在全国医学院校中位居第18位，是西南地区最具影响力的医学院校，是国家首批“211工程”重点建设的大学之一。同时昆明医科大学药学院、临床医学院及免疫学等专业连续多年位居全国前茅，在中国特色社会主义理论教育和历史文化传承保护方面也是国内知名学府。