TCGA中数据类型主要有SNV（单核苷酸变异）数据、RNA-seq数据、CNV（基因拷贝数变异）数据、甲基化数据、临床数据、miRNA-seq数据，以及生物样本数据。
每个数据类型都有相应的测量工具：
SNV数据有四种：SomaticSniper、MuSE Variant、VarSan2 和MuTect2；
RNA-seq有三种，分别是HTSeq-Counts、HTSeq-FPKM以及HTSeq-FPKM-UQ；Counts只是单纯地计数；FPKM（Fragments Per Kilobase of exon per Million reads）是以转录本为单位来划分所有外显子总长度，标准化后得到的片段计数；FPKM-UQ（Upper Quantile）指以四分位划分。
每个数据类型都有相应的测量工具：
SNV数据有四种：SomaticSniper、MuSE Variant、VarSan2 和MuTect2；
RNA-seq有三种，分别是HTSeq-Counts、HTSeq-FPKM以及HTSeq-FPKM-UQ；Counts只是单纯地计数；FPKM（Fragments Per Kilobase of exon per Million reads）是以转录本为单位来划分所有外显子总长度，标准化后得到的片段计数；FPKM-UQ（Upper Quantile）指以四分位划分。
