微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。
其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。
再次，微生物菌剂不仅能够促进生根，还能够养根护根，减少病虫害的发生。
再者，使用微生物菌剂不仅能够生根护根，还能调理土壤环境，使作物处于健康的生长环境中。
综上所述，随水冲施微生物菌剂后，既要保证微生物活性，又要保证其食物所需，这样才能让有益微生物充分发挥作用。就目前来看，有益微生物能促进土壤有机质的分解，产生有机酸类物质，如氨基酸和某些微生物，量虽少，但能刺激作物生长，增强根系发育，提高根系吸收能力。根系生存的土壤环境好了，根结线虫、根部病害等也自然减少了。