开篇先点焯广为流传的“左边对齐右边”神论。最可笑的是这么说的人里相当一部分只知道“左边”、“右边”、“黑脸”。新人要是听信这一套那就爽了，因为这是个以错误的理论基础蒙对正确的结果的捷径。
下图是我自己的MO2截图给大家作参考。
NB：下文中统一把宣传神论的人简称为神棍。

先说下Mod的本质：Mod是对游戏文件进行修改。Mod是游戏的一部分，所以必须在游戏目录里才是游戏的一部分。
插件大家都熟，但是为了文章的完整性我就随便扯一下。原版本身带原版插件，里面记录着物品在游戏内部的信息。Mod插件通过覆盖原版插件来修改或添加物品。比如我要修改主角跳跃高度并加一把亚索刀，我有一个插件只记录了跳跃高度和亚索刀，那么跳跃高度会被覆盖修改、亚索刀会出现在游戏里。所以如图楼主那一千个插件必须按正确的内容覆盖顺序排列，否则就会出bug。
插件的载入顺序记录在一个叫 【Plugin.txt】 的文件里，游戏会按照这个文件的记录依次载入插件。
你有一个Mod文件夹，文件顺序是管理器把你文件夹里的文件依次倒入游戏文件夹的顺序。这样比如两个mod都包含同一块砖头的模型，你把更帅的、你更想要的那个排在后面，它就能覆盖掉另一个。这样成品游戏文件里只会有一个这块砖头。
这里就有一个神棍想不到的点：如果你想用A插件的位置和B mod的贴图怎么办？这种情况少见，但是不是没有。当然我是见过神棍极力辩称这种情况是绝不可能发生的，否则会黑脸之类的。
BSA是一种可以被游戏读取的压缩文件的格式。作为压缩文件BSA可以压缩很多mod的文件大小，从而节省大量内存、提高载入速度。但是这只是BSA的额外功能。想必肯定很多人有疑问：压缩之后就看不到冲突文件了，看不到冲突文件如何排序？像前面说过的，同一块砖头在游戏里只有一个模型。但是如果两个含砖mod都压成了BSA，两个BSA一起倒进游戏文件夹，那岂不是两块砖都进游戏文件里了？
划重点：BSA的本质是同名插件的附件。
因此它的载入顺序就是同名插件的插件顺序。两块砖头也会根据所属插件的顺序进行覆盖。
INI和BSA一样，是同名插件的附件、遵守同名插件的顺序。INI覆盖主要体现在对不同mod对相同游戏原版设定的修改。
除了INI以外，还有代码会发生冲突。不同mod的不同名代码的冲突例如A代码叫斯万往左走、B代码叫斯万往右走。这种冲突对于绝大多数玩家包括楼主都是无解的。
当然想要解决也不是不可以。Bethesda用的Papyrus代码需要从PSC编译成PEX才能被游戏读取。多亏当前大多数含代码的mod都会向玩家提供源代码，你会写Papyrus你改了重新编译覆盖就行。没有源代码你也可以破解PEX，虽然不推荐。