首先学院的最终诉求就是模糊的甚至可以说是根本不知道他们要干嘛。笼统的学院内部概念就是认为废土之上没有希望了，最终只能靠学院来拯救世界，但是到底如何拯救，没有说，主宰世界之后要干嘛，也没有说。恢复战前科技文明生活水平？彻底消除其他意识形态？然后呢？去造福谁呢？
游戏内铁路阵营与学院以及钢铁兄弟会的对抗基本是出于在合成人问题上不同观点导致的意识形态的对立。
玩家刚遇到铁路组织时他们刚到地下墓室不久，之前的DIA（即CIA）总控间被学院摧毁，安全屋也被一个一个捣毁，元气大伤。这使得他们无论为了解放合成人也好，为了求生存也好，都必须要灭掉学院。这种冲突还是可以理解的。
但学院和铁路就合成人是否有人格之后是独立个体还是工具的核心冲突。这让我是难以认为它是符合逻辑的。这种冲突思考无疑是有借鉴《银翼杀手》的，但是在 银翼杀手 里的仿生人是比人类更强更聪明的存在，虽然寿命短，而且是合法产物，是这个世界观的人都已经默认的存在，而且还有仿生人能生育的传言，虽然在漫画里表现出可能是假的了。这才叫戏剧冲突啊，威胁到人类了。但辐射里这种戏剧冲突就莫名其妙了，我知道你铁路有不亚于学院的科技，那你炸了学院之后呢？你是甘于自己这个合成人族类不再有新人加入慢慢灭族还是你要自己开始造合成人？（游戏中的“联邦理工学院（CIT）”就是现实中的麻省理工（MIT）。而“铁路”其实也影射着MIT内部的一个学术组织“技术模型铁路俱乐部”。所以在战前铁路前身和学院是一家人。）
兄弟会和学院这些科技产物的冲突就不说了，我一直感觉兄弟会的设定就是莫名其妙的，底层逻辑就是禁不起推敲的。一群人因为一个战前的信条，从骨子里憎恶这些fev或其他科技产物而从未改变的履行这些行为和宗教狂热者有什么区别。还不如丹斯不得已杀死自己的被改造好兄弟来的深刻。
而关于学院和废土居民最严重的冲突导致废土人对合成人深恶痛绝和铁路也不对付的CPG大屠杀（学院干掉临时联邦政府）以及面具破碎事件（学院的测试用合成人在钻石城暴走杀掉8个平民），如果后者是程序错误还能解释，那前者是为了什么呢？还有3代合成人，如果说和普通人类已经完全没有区别除了脑子里有个合成人原件，那你抓什么废土人去研究fev呢？
实在是玩得我有点莫名其妙。