目前的医疗水平还没有能力研制出杀死HPV病毒的药物，而通常药物都是在血液中发挥作用，HPV病毒不进入血液，所以普通的药物是杀不死它的。
女性感染HPV后目前没有特效药。主要依靠人体免疫力来清除病毒并恢复，人体的免疫力强是HPV病毒唯一的克星。
第一次感染人乳头瘤病毒，如果自身免疫功能正常，70%-80%的患者可在1-2年内自动清除，大多属于一过性感染，不会有明显症状。
如果反复持续感染人乳头瘤病毒，尤其是高危型的，会增加罹患宫颈癌的几率。
尽管目前没有治疗HPV特效的药物， 但是对HPV感染引起的病变是可以治疗的。
对于低危型HPV感染，通常可导致尖锐湿疣、扁平疣等，主要是皮肤表面出现赘生物，少数患者可伴有疼痛或者痒感，属于良性疾病，不会对身体造成很大危害。
低危型HPV感染可以治疗，目的在于消除已经感染的病灶（去除疣体，而不是直接去杀死病毒）。
而对于高危型HPV感染，及时识别发现宫颈细胞是否发生癌前病变（CIN）。已经发生CIN的，需要根据病变程度进行个性化治疗。相应处理（锥切或LEEP环切）。
因此，目前HPV虽无药可治，但HPV所导致的病变是可以治疗的，即“治病不治毒”。只要定时检查及时干预，完全可以阻断宫颈癌的发生。
接种高危人乳头瘤病毒疫苗、保持性卫生、避免多性伙伴、增强体质、注意阻断性伴侣之间的交叉感染，使用安全套进行性行为等，减少HPV病毒感染。