个人理解，新手，不喜勿喷
羽化yuki的线路更像是一夜的另一场计划。
首先工业区的火灾和那由多迟迟没有出现，应该可以推断那由多是在工业区搞事情（和a线一样）。血祭的可能性是比较大的，因为到头来干细胞实际上是白糖水（千夜说的），如果这是真的，那么这更像是一夜和千夜策划对时雨 忧姬 小夜美的一场考验。
其次，第二个问题感觉二者兼而有之，实际上不排除一夜为了时雨的幸福和忧姬的好转，而甘愿把自己作为“筹码”的可能性。千夜最终实际上看到的一夜的寿命，也印证了这一点。
时雨的短命某种情况下是因为缺陷，毕竟一夜需要用某种较为激烈的手段来“转接”而给出时雨的寿命（就比如千夜线），至于诅咒，大概是一夜还存在时给时雨带来的副作用吧 毕竟当初在飞机失事的时候，一夜搭上了飞机上全部人的姓名，也是勉强让时雨活了下来，一夜本身的存在，也本就是个谜。
至于记忆的问题也不好说了（），就比如千夜线，千夜最后也回忆起了一夜的存在，个人认为残存记忆和时间限制是并存的，时间限制受到一夜“筹码和棋子”生命力的影响。在时间用尽以后，记忆就成为了真正的记忆，即使再怎么浮现也做不到了（与一代对比）（也更符合游戏和现实，虽然可能吃书）。

一夜不掐线了，忧姬自然就活了
要寄的那个是时雨
时雨也没忘了一夜啊

个人感觉是一夜血祭创造的寿命，但是让时雨以为是奇迹这样没有杀人的罪名的寿命更能让他接受。参考其他几个线，只要时雨能为守护别人不顾一切又不丧失善心。一夜最后都会消失并将“财富”以寿命形式分给时雨和优纪，至于优纪心脏的问题应该并非诅咒创造的，表因是心脏疾病，实际是与一夜的灵魂存在有关，毕竟人偶的操控在于一夜，也是为什么千夜看到时雨的寿命与一夜的消失相同(最后千夜感慨一夜时有提到)

楼主在推了重制版的善意谎言线并且又推了一次，加以分析，得出以下结论：
1火灾是那由多捣毁一夜的窝点，不是一夜的血祭
①原版有提到，一夜的形态越来越透明，对现世的干涉能力也越来越差
②重制版补充了，这时候那由多和千夜也没闲着捣毁窝点。注意：虽然重制版剧情和原版不同，但是原版工厂火灾后，描写到一夜感到一夜痛苦的歪起了脸，可以推测火灾是一夜的窝点被摧毁
2忧姬的新生，“善意的谎言”的真相，其实在忧姬病情好转后有千夜的独白，独白基本告诉了读者，忧姬的好转代价是一夜的“生命”。
以下是剧情截图↓↓↓