再会篇给出皮斯科被琴酒枪决的借口是“射吊灯被摄影师拍到了，可能会明天登报。”，意思就是说皮斯科暴露了，所以需要灭口。而且琴酒的这一行为是boss的命令，属于公事公办。不存在任何目的性问题。
M26的宾加同样也是暴露了，现场环境还是一大堆联网的监控，但是后续剧情并没有提到“酒厂打算处决宾加”，宾加是被琴酒下黑手处理的，就连基尔问琴酒有没有通知宾加，得到的答复是“我不知道”。还要注意波本的用词“失联”，说明酒厂人不知道他哪去了，而不是他死了。如果杀宾加的行为有正当性，波本肯定直接和柯南说“宾加死了”，而不是“宾加失联了”。
所以，就如同麦子说的，按照酒厂的体量，保皮斯科太简单了，让那个摄影师消失就OK了，甚至直接抹掉这个报社都不成问题。
以前柯南想通过高木去查boss邮件ip地址，被哀拦下来了，哀的解释就是这样会害死高木，说明警方中高层早都被酒厂渗透成筛子了。这就体现酒厂在日本乃至全世界是手眼通天的组织，搞掉一个日本警视厅的巡查部长那是不费吹灰之力。
而M26揭露的一个重要信息就是，boss和贝姐不希望老幼认证被酒厂完全掌握，否则自身的秘密就会被查个底朝天。相比酒厂用它来清扫网络痕迹，boss保护自身的秘密更加优先。所以boss宁可放弃这么高精尖的科技，也绝对不能让自己的秘密暴露。后来朗姆的想法证实了boss的考虑十分正确，因为酒厂内部的确有人在意boss的行踪。
这个系统能通过人的骨相来验明正身，所以贝姐的伪装可以瞒过琴酒，朗姆等一众人，但是却瞒不过透子。既使拉新一、快斗、屋田诚人、冲田来比对，系统照样可以识别这四个不是同一个人。那么boss不希望自己被查到的一个标志性因素就是：boss不希望朗姆通过自己以前的数据查到自己。也就是说，boss自身的变化只能自己绝对把握。这或许就涉及到A药的秘密了。
所以造成boss最终放弃皮斯科的借口绝对不是什么“皮斯科开枪暴露了”，更有可能的借口就是“皮斯科知道A药大概处于哪一阶段的研发了。”再会篇也揭示了皮斯科认识宫野夫妇，知道志保因为A药变小了，所以才感叹“没想到那个药物已经到这种阶段了。”，这也是boss始终保密的内容，就连朗姆也不知道A药的具体机理，只知道是毒药，能杀人，但是有一定“时光倒流”的作用。比朗姆地位更低的琴酒那更是将其视作单纯的毒药，更别说伏特加和俩狙击手了。
宾加抓住柯南时候的描述也是要带走柯南，叫柯南亲自给朗姆解释这药的一部分机理是什么。说明宾加只知道新一变小，但是不知道这个变小的原理是什么。
综上，我认为boss要杀皮斯科的借口，就是他知道了关于A药太多的秘密。